Les vestiges de construction gallo-romaine au Requer au sud de Clis (voir dossier villa) et les nombreuses découvertes effectuées depuis la fin du XIXe siècle attestent de l'occupation ancienne du lieu. Le site de Clis a pendant longtemps été associé au vicus portuaire de Portus-Bivates mentionné par Ptolémée au IIe s. après J.- C. dans sa Géographie mais le nom de Portus-Bivates suggérant un cours d'eau franchi par un pont fait vraisemblablement référence à une autre localisation. Le secteur archéologique, formant un vaste quadrilatère, pourrait néanmoins former un seul et même site antique attribuable au Ier siècle après J.-C., dont le contexte de l'apparition et la permanence jusqu'au Bas-Empire demeurent néanmoins flous. Au IXe siècle, le cartulaire de Redon évoque la résidence de Pascuuten, comte de Vannes, in aula Clis, y suggérant la présence d'une résidence seigneuriale. Durant le Moyen Age, le village de Clis dépend en partie de la seigneurie de Lauvergnac dont il est un baillage. Plusieurs manoirs y sont attestés : celui de Kerpondarm, sans doute construit par Jouhan Pondarme entre 1403 et 1419, l'ancien manoir de Kerroux devenu Tuloc, appartenant à la famille de Kerveno (voir dossiers). À la fin du XVe siècle, les moines de l'abbaye de Blanche-Couronne y possèdent un herbergement qui n'a pu être localisé et les seigneurs de Crémeur des terres et deux moulins à vent.
Malgré l'importance du village et la présence d'une chapelle dédiée à Sainte-Catherine d'Alexandrie, dont la construction date probablement de la première moitié du XVe siècle, Clis n'a jamais été élevé au rang de paroisse mais demeure une frairie dépendant de la paroisse Saint-Aubin de Guérande.
Le développement de Clis est à mettre en relation, vraisemblablement très tôt, avec l'exploitation du sel qui constitue sans doute depuis le Moyen Age l'activité principale du village. Comme pour Saillé ou Quéniquen, l'essor de la grande pêche et du commerce à la fin du XVIe siècle jusqu'au XVIIIe siècle - entraînant une forte demande de sel et donc une augmentation des revenus - se traduit dans le nombre de construction du village datant de cette époque (6 maisons repérées porte les dates : 163IX ; 1679 ; 1684 ; 1699 ; 1732 ; 1743). Mais les activités du village ont aussi longtemps été tournées vers la culture, notamment celle de la vigne qui jusqu'au XIXe siècle était exploitées sur le coteau. Les sources écrites et les nombreux toponymes les perrières relevés à Clis, témoignent aussi d'une exploitation du granite liés aux métiers du bâtiment peut-être depuis le Moyen Age. Celui-ci sera extrait à la carrière de Tuloc jusque dans la 1ère moitié du XXe siècle. Quatre moulins existaient autour de Clis en 1818 : le moulin de Trévaly ou moulin de Clis, le moulin de la Motte ou moulin de l'Auvergat (Lauvergnac), les deux derniers se situant à l'est de la chapelle.
En 1851, le recensement de Clis dénombre 731 habitants répartis en 166 ménages. Les chefs de ménages occupent à 45 % des professions liées au travail du sel (75 occurrences). Le reste des professions se réparti en journaliers (35), laboureurs (9), vigneron (1), meuniers (3), artisans (7), commerçant (3), marins (5), pêcheurs (4), employés des douanes (4), divers (20). Dans la seconde moitié du XIXe siècle et jusqu'au années 1970, la population de Clis tend à diminuer accompagnant le déclin de l'activité salicole. En 1968, Clis ne compte plus que 30 paludiers puis 20 en 1970. Le village devient alors un lieu de résidence permanent de personnes n'y exerçant plus leur profession.
Photographe au Service de l'Inventaire général.