Le canal reprend en grande partie l'itinéraire d'un ancien cours d'eau appelé le bief de Sainte-Christine et, dans sa partie ouest, le bief de la Vieille Autise à Sainte-Christine. Ce cours d'eau, creusé à une période inconnue, était alimenté par la source du port d'Aziré, longeait le marais communal des Nattes et se jetait dans la Vieille Autise à l'ouest de la Garenne. L'essentiel de son itinéraire a été repris pour creuser la rigole d'Aziré en 1845, sauf à de rares exceptions : le contour au nord du bourg de Sainte-Christine a ainsi été redressé (les vestiges de l'ancien itinéraire apparaissent sous forme de fossés dans les marais des Vachères), et l'ancien bief a été interrompu par le canal de la Vieille Autise.

Le creusement de ce canal s'intègre dans le programme d'aménagement des marais mouillés de la Sèvre Niortaise fixé par l'ordonnance royale de 1833. L'objectif ici, confirmé par le Syndicat des marais de la Vieille Autise le 23 avril 1838, est de créer un nouveau réseau d'évacuation des eaux comprenant le canal de la Vieille Autise et trois canaux ou rigoles venant l'un du Coudrault, l'autre d'Anchais et le troisième d'Aziré. Ce dispositif complètera celui formé par la rigole de la Rive droite, le canal du Nouveau Béjou et un canal qui prolongera celui de Reth jusqu'à la Grande Bernegoue (canal d'Andremont). Le projet de rigole d'Aziré est présenté les 20 juin et 29 octobre 1840 par l'ingénieur en chef Ritter. Long de 3693 mètres, le canal prendra naissance à la source d'Aziré, située 200 mètres en aval du port, suivra l'itinéraire de l'ancien bief d'Aziré sur 1370 mètres, puis s'en écartera pour passer au port de Sainte-Christine et finalement aboutir au canal de la Vieille Autise.

Confiés aux services des Ponts et Chaussées, sous maîtrise d'ouvrage du Syndicat des marais mouillés de la Vendée, les travaux sont adjugés le 5 avril 1845 à Alexis Boineau, entrepreneur à Coulon. La réception provisoire des travaux a lieu le 16 mai 1846. Des malfaçons étant constatées, la réception définitive n'a lieu que le 24 juillet 1847.

Etablie à l'embouchure de la rigole dans le canal de la Vieille Autise, une première passerelle en bois est reconstruite en 1869 en pierre et en métal, suivant les plans établis par l'ingénieur des Ponts et Chaussées Eugène Espitallier le 30 octobre 1868. Cette passerelle a depuis lors été reconstruite, de nouveau en bois.