Le port d'Aziré existe probablement depuis le Moyen Age. Le 1er juin 1377, Jean, duc de Berry décide par lettres patentes la levée d’un impôt ou "coutume" pour financer la construction d’un nouveau port à Niort. La taxe est imposée sur les marchandises transitant non seulement par Niort mais aussi dans les principaux ports sur la Sèvre Niortaise et aux environs, dont celui d'Aziré.

Le plan cadastral de 1835 montre le port d'Aziré, à la naissance du bief de Sainte-Christine à Aziré qui serpente ensuite à travers les marais vers l'ouest. Le port remonte à cette époque jusqu'au pied des dernières habitations du hameau, à la place de l'actuelle allée d'arbres, avec à l'extrémité, un étroit bassin aux bords en pente douce. L'emplacement du bassin actuel est occupé par un labyrinthe de petites parcelles délimitées par des fossés, sur la rive gauche du bief.

La configuration du site évolue une première fois avec le creusement de la rigole d'Aziré qui vient remplacer l'ancien bief en 1845. Plus encore, en 1867, le Syndicat des marais mouillés de la Vendée entreprend de curer et élargir la rigole, mais aussi de capter la source d'Aziré qui se trouve au nord du port et dont l'eau permettra d'alimenter la rigole, dans laquelle l'eau vient parfois à manquer. La commune de Benet, propriétaire des lieux, décide d'en profiter pour réaménager complètement le port. Le 11 août 1867, le conseil municipal de Benet approuve le projet qui permettrait de donner au port "les proportions en rapport de son importance commerciale" qui s'accroît par l'amélioration des voies de communication. Il constate que le port, trop petit, est souvent encombré par les arrivages de bois, de pierres et de produits agricoles. Le conseil relève toutefois que la mise en oeuvre du projet devra attendre que les finances communales se relèvent, entamées par d'autres opérations (construction du presbytère, aménagement du champ de foire...).

Le 3 juillet 1868, le maire de Benet charge les services des Ponts et Chaussées d'élaborer le projet. Celui-ci est présenté le 23 avril 1869 par l'ingénieur Espitallier. Il prévoit de déporter le port vers l'aval, en creusant un large bassin trapézoïdal bordé de quais verticaux et d'une cale-abreuvoir inclinée, le tout à la place de l'ancien enchevêtrement de parcelles et de fossés. L'ancien port sera comblé et remplacé par une longue voie d'accès reliant le port et le hameau. Les matériaux utilisés proviendront des fours de Marans pour la chaux, de la carrière du Petit Marais, près de Banzay, à Benet, pour le sable, de Liez et des déblais de l'ancien port pour les moellons, de la carrière de Brelouze, à Saint-Michel-le-Cloucq, pour la pierre de taille.

Le 29 juillet 1869, un arrêté municipal autorise le captage de la source d'Aziré, et les travaux de construction du port sont adjugés le 1er août à l'entrepreneur Auguste Soulisse. Celui-ci ne semble toutefois pas s'exécuter rapidement. Si la mise hors d'eau du port a lieu en octobre, Soulisse est mis en demeure, le 3 novembre, d'accélérer le chantier pour l'achever avant la mauvaise saison qui approche grandement. Pour ce faire, il devra engager dix terrassiers, trois maçons et deux tailleurs de pierre. La réception définitive des travaux a finalement lieu le 13 juin 1871. Le 14 juillet 1875, un arrêté municipal porte règlement d'usage du port, avec notamment une interdiction des dépôts.

Le port et ses abords sont réhabilités en 2009. Le 14 janvier 2013, la place qui s'étend au nord du port reçoit, en sa présence, le nom d'Angéline Thibaudeau (1911-2013), née Benoît, chevalier de la Légion d'honneur, proclamée "Juste parmi les Nations" pour être venue en aide à des Juifs pendant la Seconde Guerre mondiale.