Situé à 3 km à l'ouest du Vieux-Bourg du Marillais, l'écart de la Gourbillonnière est choisi en 1847 pour devenir le nouveau centre-bourg de la commune sous le nom de bourg « Saint-Jean-du-Marillais ». Considérés comme trop excentrés du centre de la paroisse et souvent inabordables en raison des crues de la Loire, le Vieux-Bourg et l'église Notre-Dame sont ainsi peu à peu abandonnés au profit de ce petit village de quelques fermes qui se développera bientôt autour d'une nouvelle église paroissiale, d'un presbytère, d'un cimetière, d'une mairie et des deux écoles dont les terrains sont offerts par des habitants.

La première pierre de la nouvelle église, dédiée à saint Jean-Baptiste, est bénite le 13 octobre 1850. Le culte est assuré dès novembre 1851, mais la réception des travaux n'est approuvée définitivement qu'en mai 1858. Le nouveau presbytère est construit en 1854. Comme au Mesnil-en-Vallée, les travaux des deux édifices sont en grande partie financés par la vente de 36 ha de terrains communaux ou "communs" laissés de temps immémorial aux habitants pour le pacage des animaux. La mairie est installée, selon Célestin Port, dans une maisonnette blanche, à 100 m de l'église, vers l'écart du Seil. L'école publique de garçons, placée sous la direction des frères de la Doctrine chrétienne, et celle de filles, sous celle des Sœurs de la Pommeraye, sont construites respectivement en 1865 et en 1875 grâce au financement de Mademoiselle de Saint-Pern.

Envoyé au Marillais par l'évêque d'Angers, l'abbé Édouard Méfray (1812-1885), qui vient de diriger la reconstruction de l'église de Chaudron-en-Mauges, est l'un des grands artisans de la création du nouveau bourg. Soutenu par la municipalité et entouré d'un réseau de paroissiens généreux, c'est à lui que l'on doit le lancement de la plupart des grands chantiers architecturaux (église, presbytère, écoles, cimetière, calvaire…) durant les 35 ans de son presbytérat. Une place, au nord de l'église, lui est dédiée.

En 1866, le nouveau bourg comportait 24 maisons (sur les 174 de la commune), occupées par autant de ménages, le tout regroupant 97 individus. Jules Spal signale à cette date "trois ou quatre maisons de construction récente et de convenable aspect" qui viennent s'intercaler entre les rangées d'habitation de l'ancien village de la Gourbillonnière. Au chevet de l'église subsiste l'une des dernières fermes de l'ancien village. Le nouveau bourg s'est développé peu à peu vers l'ouest, jusqu'à englober aujourd'hui les écarts des Mazureaux, du Seil et de la Blardière.

Le bourg est électrifié en 1927. Après la Seconde Guerre mondiale, plusieurs chantiers contribuèrent au renouveau de la commune : réfection des chemins, construction d'une salle de spectacle par la société d’agrément et d'éducation "La Familiale", création d'une association sportive et d'un ciné-club. Dans le dernier tiers du siècle, plusieurs lotissements communaux et privés contribuèrent au développement du bourg : SCI des Mauges (1975-1978), "Nouveau bourg" (1981-1983), Saint-Maurille (1997-2011), rue du Mazureau (1995-2015).