À l'initiative d'un groupe de paroissiens et du curé Édouard Méfray, une nouvelle église paroissiale, dédiée à Saint Jean-Baptiste, est construite entre 1850 et 1857 au village des Gourbillonières, aux dépens du Vieux-Bourg du Marillais. L'architecte jésuite Tournesac est sollicité et réalise des plans, mais c'est finalement Sébastien-Michel Dellêtre qui assurera le projet et suivra les travaux de construction financés notamment grâce à des souscriptions. Le culte est assuré dès novembre 1851, mais l'église et le clocher ne sont achevés qu'en 1855. Les trois chapelles latérales (nord ?) sont construites entre 1855 et 1857 et la réception des travaux est approuvée définitivement en mai 1858 pour la somme totale de 19 128 francs. Les trois autres sont bâties après 1887.

Dans la chapelle nord sont actuellement déposées les reliques de Sainte Philomène. Dans la chapelle en vis-à-vis, un groupe sculpté de Bouriché d'Angers représente la Mort de Saint-Joseph et un autre du même artiste, l'Apparition de la Vierge à Saint-Maurille dans l'un des autels du transept. Le maître-autel, signé Pineau d'Angers, a son tabernacle surmonté des trois Vertus théologales et pour couronnement la statue de la Religion triomphante. Les deux confessionnaux, les stalles et les boiseries du chœur sont l'œuvre du curé même, l'abbé Méfray, aidé du sculpteur Cahuzac.

La toiture de l'église a été réparée en 1865 puis, de nouveau en 1904 à cause de la foudre (entreprise Coulommiers de la Boutouchère). Plusieurs autres restaurations auront lieu dans le courant du XXe siècle : charpente par Jean Réthoré, charron-charpentier du Marillais (1957), toiture de la sacristie (1961-1962), démolition des clochetons sur les chapelles latérales de la nef (1973), restauration du clocher (1987), de la porte principale et des verrières de la façade ouest par Barthe-Bordereau (1993), travaux de conservation de l'église : remise en état des cloches et installation d'un système de synchronisation pour l'horloge publique ; réparation des toitures des chapelles latérales de l'église et du parquet de l'église (2000).