L'ancienne école communale de garçons a été fondée en 1865 par Marie Caroline Louise Berthe de Saint-Pern. Pour celle-ci, Mme de Saint-Pern met à disposition de la municipalité un bâtiment neuf, construit par ses soins, à la condition qu'il soit dirigé par un frère de la Doctrine chrétienne. À la mort de l'instituteur congréganiste, en janvier 1887, et en vertu de la loi du 30 octobre 1886, la municipalité du Marillais est dans l'obligation d'accueillir l'école publique de garçons au sein de bâtiments communaux. Devant le refus du Conseil municipal et sous la pression des notables locaux, l'administration préconise la construction d'un bâtiment neuf pour accueillir de manière mixte l'école publique de filles et celle de garçons. Ce nouveau bâtiment adjacent à la mairie est construit en 1896 mais n'accueillera que quelques élèves ; la grande majorité des élèves continuant de fréquenter l'école Saint-Jean. Cette dernière est encore une école primaire privée.