Une commanderie de l'ordre de Saint-Jean-de-Jérusalem (puis ordre de Malte) s'établit à Bourgneuf vraisemblablement vers le XIIIe ou le XIVe siècle. C'est sûrement cette implantation, plus tardive que la fondation des paroisses alentours, qui donna l'appellation de "Bourgneuf" au sens de petit village récent. La commanderie dépendait jusqu'à la Révolution de la commanderie de Villedieu-en-Pleine-Perche, aujourd'hui Villedieu-la-Blouère, intégrée au grand prieuré d'Aquitaine.

Il devait s'agir en réalité du siège d'un fermier appartenant à la maison-mère de Villedieu-la-Blouère. En effet, selon le fonctionnement de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, elle devait être un lieu à vocation d'exploitation agricole, rassemblant des membres (religieux), et destiné à procurer des ressources financières à l'Ordre par la production agricole et la récolte de dîmes. Ses revenus s'élevaient à 120 livres en 1744 et 400 en 1787.

Implantée sur l'ancienne voie stratégique de la commanderie de Villedieu-la-Blouère à la commanderie d'Angers, en passant par Chalonnes et Beaupréau, il s'agissait d'une annexe de la commanderie-mère. L'abbé Guinhut mentionne également la présence d'un petit hôpital fondé dans le bourg, qui peut correspondre à la fonction d'accueil et de soin des pèlerins et des pauvres d'une commanderie hospitalière. Par ailleurs, le commandeur ou praeceptor de Villedieu-en-Pleine-Perche était le seigneur temporel de la paroisse de Bourgneuf. Vers 1475, la commanderie de Villedieu-la-Blouère est unie à la commanderie templière de Clisson (Loire-Atlantique), puis à celle de Mauléon (Deux-Sèvres), ce sont les archives de ces départements qui détiennent une majorité de documents concernant celle de Bourgneuf durant le Moyen Âge. À la Révolution, la commanderie est vendue le 16 avril 1796 (27 germinal an IV).

Le bâtiment actuel est antérieur au XIXe siècle, peut-être avant le XVIIIe siècle. Il figure sur le plan cadastral de Saint-Laurent-de-la-Plaine de 1827 et de Bourgneuf de 1865 (D2 493). La propriété devait sûrement être clôturée, le logis se situait à l'est (couverture en ardoise), et le bâtiment accolé à l'ouest, plus bas avec une couverture de tuile, devait correspondre à une étable. D'autres parties agricoles devaient accompagner cet ensemble. L'escalier en façade du logis serait plus ancien (bas Moyen Âge ?) ; les fermes et pannes de la charpente de l'étable (chevilles, arbalétriers voûtés…) sont sans doute antérieur au XVIIIe siècle. Les façades et les intérieurs sont très remaniés au XXe siècle, plusieurs extensions au nord et à l'est sont réalisées.