Aucune trace matérielle d'une occupation au Paléolithique n'a été retrouvée sur la commune. Cependant neuf haches polies découvertes peuvent attester au moins d’un passage de population sur le territoire au Néolithique. Lors d'un inventaire en 1926, Olivier Desmazières pointe le lieu-dit "les Chirons" qui pourrait potentiellement indiquer la présence d'un mégalithe, dont il ne subsisterait aucune trace connue. L'Atlas des Patrimoines recense cinq enclos et une fosse d'âge indéterminés au Plessis Pasquier, à la Coleraie, aux Chalonges Girault, et aux Petites Chalonges. Il mentionne également l'occupation du lieu-dit de la Boiverie entre l'époque protohistorique et gallo-romaine avec deux enclos funéraires.

La paroisse de Bourgneuf est sûrement érigée vers le XIIIe ou le XIVe siècle par l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem (Malte), qui s'établit en ce lieu situé sur l'ancienne voie de la commanderie de Villedieu-la-Blouère à Angers assant par Beaupréau et Chalonnes, au lieu-dit de "la Commanderie" (cf : notice IA49059666). Célestin Port mentionne un "Bourge de Bourgneuf" en 1577. À cette époque, le hameau dépendait du diocèse d'Angers, du grenier à sel de Saint-Florent-le-Vieil et de la Commanderie de Villedieu dont le commandeur était le seigneur temporel de Bourgneuf. La paroisse ne possédait pas de maisons nobles mais le bourg disposait d'un petit hôpital fondé par la Commanderie, et possédait une cour de justice avec notaires, attestés dans les archives de la seigneurie du Plessis-Beuvreau (commune de Saint-Laurent-de-la-Plaine) : la "cour de Bourgneuf en Maulges" en 1593 et 1622.

Dans son ouvrage sur Les Prêtres angevins, le prêtre Joseph Grandet (1646-1724), décrit Bourgneuf au XVIIe siècle comme "une des plus petites et des plus pauvres paroisses de l'Anjou" perdue au milieu des bois du Plessis Raymond, du Teil et de la Baunière qui s'étendaient jusqu'au bourg composé d'environ 50 habitants. Cette dernière se composait seulement de quelques borderies, et d'une seule métairie (la Roche) qui entouraient le bourg. Elle ne figure pas sur la carte Ducatus Andegavensis (Auctore Licimo Guyeto Andegavense) du cartographe Lézin Guyet du XVIe siècle, ni sur la Carte générale du duché d'Anjou du XVIIe siècle, ce qui trahit de sa faible importance à l'époque médiévale.

Elle possédait une ancienne église orientée qui se situait à l'emplacement de l'actuelle, mais de taille très inférieure, décrite comme appartenant au XIIIe siècle. Elle s'accompagnait d'un presbytère, semble-t-il situé au même emplacement que l'actuel et d'un cimetière en face de son entrée, à l'angle de la rue de la Vendée et de Jeanne Grimault. Aujourd'hui à la sortie du bourg en direction de Sainte-Christine, ce dernier est déplacé dans le deuxième quart du XIXe siècle au moment de la reconstruction de l'église. Même si le statut de "paroisse" est certain, le sort de la cure est confus, dont le fonctionnement est parfois abandonné aux paroisses voisines (La Pommeraye, Saint-Laurent-de-la-Plaine). Certains curés, en effet, nommés à la cure de Bourgneuf ne résidaient pas dans la paroisse, et en délaissaient sa conduite à autrui. D'ailleurs, Pierre Menuau, vraisemblablement curé de Bourgneuf, est noté "prêtre et chapelain de Bourgneuf" dans son acte de décès en 1686 : ces termes qui ne se rattachent pas à la circonscription d'une paroisse témoignent de cette ambiguïté au fil des siècles.

À la Révolution, la paroisse est supprimée le 20 mars 1790 par le district de Saint-Florent-le-Vieil, et annexée par l'évêque à celle de Saint-Laurent-de-la-Plaine. Toutefois, cette disposition est réellement ratifiée par les ordonnances du 22 octobre 1802 et du 20 février 1809 de Charles Montault, évêque d'Angers, en application des termes du Concordat (cf : annexe). Peu après, les habitants sont contraints de remettre aux marguilliers de la paroisse de Saint-Laurent-de-la-Plaine, leur cloche et ornements d'église (cf : liste en annexe). Toutefois, le conseil de fabrique s'engage à rendre la petite cloche de 1660 si la paroisse de Bourgneuf venait à se reformer, ce qui fut le cas puisque cette dernière est présente dans l'église actuelle. Très rapidement, la volonté de reformer la paroisse se manifeste, une pétition des habitants est adressée au nouvel évêque, Guillaume Angebault, qui partage leur souhait. En 1846, sa rencontre avec Jeanne Grimault, notable de Saint-Laurent-du-Mottay, est décisive puisque celle-ci lui offre de consacrer une partie de sa fortune à une bonne œuvre. Il est décidé que ses fonds serviront à reconstruire l'église de Bourgneuf, son presbytère, à acheter un terrain pour le nouveau cimetière ainsi que des objets de culte, tout ceci à des fins de légitimer la (ré)érection du village en paroisse. Les travaux de la nouvelle église débutent dès 1847 sur les plans de l'architecte Sébastien-Michel Dellêtre, et le statut de paroisse est ratifié cette même année par ordonnance de l'évêque le 28 avril 1847. À cette période, Bourgneuf est décrite comme "une vraie bourgade de 558 habitants dont les maisons pour la plupart neuves et de bonne apparence s'alignent le long des routes de Sainte-Christine, Saint-Quentin, la Pommeraye et Saint-Laurent-de-la-Plaine."

Sitôt la réérection de la paroisse au milieu du XIXe siècle, le souhait d'être reconnu en tant que division administrative par l'Etat fait sens. Une pétition par le curé est lancée en mai 1849, signée des habitants et de cinq maires des communes voisines. La pétition fait valoir le trop grand éloignement de la paroisse avec les communes de La Pommeraye et de Saint-Laurent-de-la-Plaine auxquelles elle est rattachée : "[...] les plus rapprochés de leur commune respective se trouve à 3 km, les autres à plus de 4, 5, 6 jusqu'à 8 km, tandis que de Bourgneuf ils ne sont que de 1, 2, les plus éloignés de 4 km. Vous comprenez M. le Préfet le grave inconvénient pour toute cette population [...] de ne pouvoir communiquer avec ces communes qu'avec bien des fatigues, et une grande perte de temps. Obligés que nous sommes d'assister aux offices de notre paroisse, bien des annonces des arrêtés du gouvernement, et de la Préfecture et de la commune sont publiées, dont nous ne pouvons avoir aucune connaissance." La pétition s'appuie également sur les atouts de la paroisse : des structures déjà existantes et financées sans le concours de l'Etat (église, presbytère, cimetière, école…) ainsi qu'une position stratégique "situé au point d'intersection de deux grandes routes, [Bourgneuf] est le centre le plus fréquenté sans conteste de toute la contrée".

La procédure dure quelques années non sans difficulté, les communes concernées refusant d'abord d'être amputées d'une partie de leurs territoires. À la suite d'enquêtes "de commodo et incommodo" et la formation de commissions syndicales dans les communes, un premier dossier de demande est déposé en préfecture et approuvé par le préfet, M. Vallon, qui le renvoie à son tour pour validation au ministre de l'Intérieur qui, lui, à la désolation de tous, le rejette une première fois en 1853. L'année suivante, une nouvelle demande est portée au préfet par dix notables locaux dont trois sont issus de la famille des Clémenceau [de la Lande], propriétaire des fours à chaux de Montjean-sur-Loire, et du château du Martreil de Saint-Christine. En outre, le projet est appuyé par de nouveaux éléments dont un besoin urgent d'autorité dans la paroisse : "un rapport de M. le juge de paix du canton [...] signale Bourgneuf comme le district le plus fécond en délits", en lien avec sa forte activité économique : "les nombreuses transactions que le commerce si important des engrais, de chaux, et surtout de bœufs y opère (peut-être 1 000 bœufs gras s'y livrent chaque semaine, et plusieurs centaines de mille francs s'y déposent et s'y versent)". Toutefois, la demande est de nouveau rejetée par le ministère en juillet 1854 qui ne trouve pas dans les éléments du dossier la nécessité absolue à la création d'une commune. Le dossier est rejeté une troisième fois en 1855 puis une quatrième en 1863. La demande finira finalement par aboutir le 17 mai 1865, après plus de dix ans de démarches administratives.

Dès 1861, le département décrète l'établissement et l'exploitation de voies ferrées reconnues d'intérêt local et public, dont le réseau du "Petit Anjou" qui se composait d'une ligne allant de Saint-Jean-de-Linières à Beaupréau en passant par Bourgneuf-en-Mauges. Une délibération du conseil municipal d'août 1882 valide l'emplacement choisi pour établir la gare. La ligne est construite après 1897, année d'expropriation des propriétaires des terres concernées par le tracé. La voie ferrée arrive par l'est, venant de Saint-Laurent-de-la-Plaine, en suivant la route départementale n° 762, puis contourne le bourg par le nord, passe par les Bareilleries et poursuit juste au-dessus de la ferme du Theil avant de rejoindre la route départementale n° 17 au-dessous des Challonges Girault, et de descendre vers Saint-Quentin-en-Mauges en passant entre les fermes des Grandes Challonges et de la Cheminerie. Les voies du Petit Anjou transporteront à la fois des marchandises et des voyageurs. La gare, visible sur des cartes postales du début du XXe siècle, est bâtie en 1902 selon le registre des augmentations de la commune (1865 D 605) accompagnée d'une halle aux marchandises, d'une voie desservant la halle et de deux voies de changement. Le réseau est totalement fermé le 18 octobre 1847, la gare est aujourd'hui intégrée comme maison dans le tissu urbain.

L'économie de Bourgneuf-en-Mauges est presque exclusivement agricole. En 1876, sur 659 habitants, 587 vivent directement ou indirectement de l'agriculture (89 %), 24 des transports et du commerce (4 %), 21 de l'industrie (3 %). 11 habitants vivent de leurs rentes, 10 de professions diverses ou libérales, et 6 sont sans professions ou non catégorisés.

La commune, d'abord nommée "Bourgneuf", devient "Bourgneuf-en-Mauges" dès 1896 afin d'éviter les confusions avec l'hameau de "Bourgneuf" dans la commune de la Chapelle-Saint-Laud.