La Villa Margot ne figure pas sur le "Plan géométrique du château, bourg et environs de Montjean" de 1762 ni sur le "Plan général de Montjean et des veines de charbon de terre qui y sont connues" de 1775-1780 mais elle apparaît en revanche sur le plan cadastral de 1827. Elle est vraisemblablement construite dans le quatrième quart du XVIIIe siècle selon ses caractéristiques (volume, lucarnes cintrées, bandeaux…) par la famille des Clémenceau de la Lande, qui possédait le four à chaux du Rivage situé au pied de la maison (coteau) à cette époque.

La propriété appartenait à Dieudonné Clémenceau de la Lande en 1836, propriétaire de fours à chaux et usufruitiers des fiefs de la Petite-Orchère et de la Nouvelle Orchère sur la commune. D'après le registre des augmentations, deux constructions nouvelles sont mentionnées sur la propriété en 1840 dont une correspondrait à la tour située à l'est de la maison dans le jardin qui ne figure pas encore sur le plan cadastral. L'appellation "Villa" de la maison est plus tardive, elle est sûrement utilisée à la fin du XIXe siècle, période où se développe les maisons de plaisance en bord de Loire. Le prénom "Margot" doit correspondre à celui de l'épouse d'un des propriétaires de cette époque. Quelques cartes postales du début du XXe siècle mentionnent cette appellation.

La propriété possédait à l'origine un plan en U avec un corps principal rectangulaire complété par deux extensions en retour d'équerre côté sud. L'extension est est détruite au milieu du XXe siècle selon un plan de 1947 où elle figure en jaune pour démolition. Cette dernière se développait sur trois niveaux : un sous-sol voûté avec une buanderie ; un rez-de-chaussée avec une cuisine et un WC donnant sur le jardin ; et un étage carré avec une chambre comprenant une terrasse située au-dessus de la cuisine. D'après ce plan, l'intérieur de la maison se composait d'un premier étage de soubassement correspondant à une cave, d'un deuxième étage de soubassement comprenant une écurie et une sellerie, d'un rez-de-chaussée avec les pièces de vie, ainsi que d'un étage carré et d'un comble accueillant les chambres. Deux autres bâtiments, aujourd'hui détruits, existaient à l'ouest de la maison dans le jardin, situés le long du mur de clôture, après la porte piétonne actuelle, et dont plusieurs ouvertures en tuffeau sont encore visibles.