Le toponyme "Mesnil", en latin Masnilio, probablement issu du mot mansionilis signifiant "petit domaine" ou "hameau" pourrait faire référence à une station relais sur une voie romaine. Selon l’historien angevin Célestin Port, l’une de ces voies, reconnue entre Montjean et la Pommeraye, devait passer sur le territoire. D’après la tradition orale, des sarcophages auraient été mis au jour lors de la reconstruction à la fin du XIXe siècle de la maison Fournier (3 rue de l’École), également connue sous le nom de Mesnillerie. Mais l’emplacement semble assez éloigné du cimetière principal qui devait se situer autour de l’église paroissiale Notre-Dame. Le 28 juin 1536, Jean de Savennière, écuyer, seigneur de Meaulne et de la Bretesche, avait légué "un morceau de terre devant la porte d'entrée de l'église [...] pour estre icelle terre dédiée et convertie en terre sainte et cymetière". Celui-ci prit le nom de "petit cimetière". Le "haut cimetière", situé sur le chemin conduisant à la Pommeraye, correspondant au cimetière actuel, est quant à lui cité dès 1578 dans l'aveu de Vaugirault.

Lors du recensement de 1861, le bourg du Mesnil et l'écart du Haut-Cimetière qui lui était alors rattaché comptaient 438 habitants répartis dans 127 ménages et 122 maisons. L’ensemble concentrait 25,5% de la population totale de la commune. L’autre partie se répartissait dans les villages et les fermes isolées.

L’historien angevin Célestin Port porte un regard assez sévère sur le bourg du Mesnil à la fin du XIXe siècle : "petit groupe d’aspect confus, assis sur le versant nord du coteau". Il note que la population de la commune est "en décroissance constante, par suite surtout de l’émigration régulière des jeunes gens, garçons et filles, qui vont servir en dehors". La physionomie du bourg avait sans doute pâti du passage des colonnes infernales en 1794. Seules quelques maisons, principalement regroupées à l'est de l'actuel rue des Mauges, présentent des vestiges des XVIIe et XVIIIe siècles (10 et 44 rue des Mauges). La reconstruction se fit progressivement en commençant par l’église paroissiale Notre-Dame (1839-1843), suivie par l'école de filles (1846-1848 ; détruite) et la mairie-école de garçons (1853-1855) puis le presbytère (1864). Une école privée de garçons fut fondée par Joseph Boissard en 1871 et placée sous l'autorité des Frères de Ploermel. L'école de filles était quant à elle placée sous la direction des sœurs de la Providence de la Pommeraye.

Entre 1854 et 1861, le bourg du Mesnil fit l'objet d'un important plan d'alignement. La largeur de la Grande-Rue fut portée à 7 mètres, celle de la rue de l'Enfer et de la rue de la Plaine à 6 mètres, les autres à 5 mètres. Ce plan d'urbanisme conduisit à la suppression de plusieurs maisons, notamment celles se situant à l'angle de la patte d'oie formée par la rue du Mesnil et la rue de Bel-Air, par la reprise de nombreuses façades et parfois la destruction des escaliers droits en pierre permettant l'accès aux combles.

Durant le XXe siècle, l'agglomération s'est principalement développé vers le nord et vers l'ouest. Plusieurs lotissements communaux ont été aménagés en bordure du centre ancien : La Peltrie (1986), la Laury (1995) et le Gas Girard (1996). s'est concentré l'habitat, sans doute contraint par la présence des terres de la seigneurie.