Une léproserie aurait existé à la Madeleine au Moyen Âge. À la fin de l'Ancien Régime, la Madeleine n'est qu'un simple écart, composé de quelques bâtiments : une chapelle, sans doute frairienne, dédiée à Sainte-Marie-Madeleine, la maison du chapelain la desservant, et une métairie signalée dès 1691 dans l'égail des fouages de la frairie de Léveno. Jacques Santerre est signalé comme vicaire-rural de la chapellenie en 1789 et Pierre Santerre, comme chapelain.

En 1850, une ordonnance épiscopale de l'évêque de Nantes, confirmée par un décret du Président de la République érige l'ancienne chapelle de la Madeleine en succursale des paroisses de Guérande et de Saint-Lyphard. À cheval, sur les deux communes, le dessin de la nouvelle paroisse se borne aux limites de Saint-Molf au nord-est et de Saint-André-des-Eaux à l'est, et englobe les écarts de Kermarais, Trépied, Bouzeray, Troffigué, suivant une diagonale sud-est-nord-ouest, au sud, et Léquignac, Kerozan, Kermouraud, Kerradet, Kerinet, le Pénelo et Bréca, suivant une ligne nord-ouest/sud-est, au nord. François-Nicolas Loiseau (1805-1868), vicaire de Saint-Joachim, est nommé prêtre de la nouvelle paroisse. Dès son installation, l'abbé Loiseau envisage la construction d'un cimetière et d'une nouvelle église paroissiale en remplacement de l'ancienne chapelle de la Madeleine trop petite et vétuste. Sur ses propres deniers, il achète dès septembre 1850, un terrain de 2, 80 ha (la Demenne) et part en quête des fonds nécessaires à la réalisation de son projet. En octobre 1850, le cimetière accueille les premières sépultures. La nouvelle église, dédiée à Sainte-Marie-Madeleine, construite sur les plans de l'architecte Henri Gilée est consacrée en 1860. Elle s'accompagne de l'érection d'un nouveau presbytère en 1867.

La création de la paroisse entraîne dès 1856, la fixation d'une population de commerçants à la Madeleine. Le recensement de la population atteste ainsi de l'installation d'un débitant de tabacs en 1856, d'un cordonnier en 1861 puis d'un épicier, d'un aubergiste, d'un maréchal-ferrant et d'un second cordonnier en 1871. En 1881, sur les 19 ménages installés dans le bourg, 5 des chefs de foyer sont cabaretiers, 2 cordonniers, 2 buralistes et 1 maréchal-ferrant contre 4 laboureurs.

Les premières maisons sont construites entre 1852 et 1861 près de l'ancienne chapelle, au sud de la rue des Parcs-Neufs, puis entre 1864 et 1881, au nord puis le long de l'actuelle rue Saint-Exupéry. Le recensement atteste de l'installation d'un instituteur en 1861. La maison d'école est d'abord installée dans l'ancienne chapelle. Une école publique de garçons est construite en 1882 puis une école publique de filles en 1886. L'électricité est installée à La Madeleine en 1925. En 1926, la mairie-annexe est transférée dans l'école privée de filles construite vers 1905.