La terre et juridiction de Beaulieu relevant des Régaires de l'évêque de Nantes est attestée dès 1437. Elle appartenait à cette date à la famille de Saint-Gilles. Guillaume de Saint-Gilles est seigneur de Beaulieu en 1437, Jean en 1440, puis Guillaume en 1450. Vers 1463, la terre passe par le mariage de Marie de Saint-Gilles avec Jean de Trévecar dans la famille du même nom. Jean de Trévecar est signalé comme seigneur de Beaulieu entre 1474 et 1481. Un compte des années 1526-1527 mentionne Françoise de Trévecar, veuve de Jacques de Guémadeuc, comme « dame de Beaulieu ». En 1567, François de Guémadeuc, son fils, rend hommage à l'évêque de Nantes. Louis de Guémadeuc lui succède en 1574. À la fin du XVIIe siècle, la terre échoit dans la famille de Martin puis à la fin du XVIIIe siècle dans celle de la Boissière avant de devenir la propriété des Ille de Beauchaine dans le courant du XIXe siècle.

De l'ancienne maison noble très remaniée et transformée en ferme, il ne reste que peu d'éléments, si ce n'est une partie du gros œuvre, une baie murée sur le pignon est, les piédroits de l'ancienne porte d'entrée sur la façade sud, et une lucarne, au nord, dont le fronton plein-cintre sculpté d'un décor de coquille Saint-Jacques pourrait suggérer une datation aux alentours des années 1530-1540. D'après le cadastre de 1819, le logis possédait visiblement une aile en retour, à l'est. Détruite dans le courant du XIXe siècle, elle a laissé place à des parties agricoles. Les modifications d'une partie du logis, toujours à l'est, et d'une partie de la charpente, datent probablement de cette époque.

Une chapellenie est attestée à Beaulieu en 1516. Elle était desservie par Messire Guy le Moenne. D'après la tradition orale, la chapelle était le petit bâtiment rectangulaire, encore visible sur le cadastre de 1819, au nord-ouest du logis. Seuls les vestiges de sa porte chanfreinée couverte d'un arc légèrement brisé sont actuellement conservés dans le mur de clôture longeant le chemin d'accès au logis.

Le manoir possédait deux métairies, l'une au sud et l'autre au nord. En 1720, elles étaient affermées à Aubin Pério et Noël Éon, puis en 1751, à Philippe Bouilland et à Julien Éon. À cette date, un procès verbal de diverses réparations à y effectuer est dressé. Le moulin de Beaulieu construit probablement dans le courant du XVIe siècle dépendait également de la seigneurie ainsi que l'étang situé à l'est du logis noble.