Le canal ou rigole de Bourneau a succédé à un cours d'eau du même nom, le bief de Bourneau qui, depuis le 18e siècle sans doute (il n'apparaît pas sur la carte de la région par Claude Masse en 1720), serpentait à travers les marais mouillés de Maillé. Le plan cadastral de 1835 montre son cours, irrégulier, dans lequel se jetait une foule de petits fossés. Le bief s'élargissait et se régularisait en arrivant au sud du bourg de Maillé, avant de se jeter dans le port, et après avoir contourné la ferme de la Hausse par le nord.

Le creusement du canal (en fait redressement de l'ancien bief) intervient dans le cadre des travaux décidés par l'ordonnance royale du 24 août 1833 pour l'aménagement du bassin de la Sèvre Niortaise. L'ouvrage doit faire partie des grands canaux ou rigoles destinés à faciliter l'écoulement de l'eau dans les marais mouillés. En l'occurrence, il doit permettre de raccourcir la distance parcourue par l'eau entre la Vieille Autise à l'est et la Sèvre Niortaise à l'ouest, évitant le large contour de Bazoin et de la Croix des Marie. Le choix est fait de reprendre l'essentiel de l'itinéraire du bief de Bourneau en le redressant et en le régularisant. Le nouveau canal s'en écarte toutefois vers le sud entre Andremont et la Pichonnière (l'ancien bief demeure aujourd'hui au pied des terres hautes du Bas de la Chapelle).

Le projet (plans, devis, cahier des charges...) est présenté en 1847 et comprend deux options qui ont en commun de faire aboutir le canal dans le port de Maillé. Celle émise le 27 mai par l'ingénieur des Ponts et Chaussées Ritter, la plus longue (sur 4479 mètres), prévoit de raccorder l'ouvrage au canal de la Vieille Autise au niveau du pont de l'Ouillette, au sud-est de la Grande Bernegoue ; l'autre option, présentée le 15 octobre par l'ingénieur Lambert, se contente de faire commencer le nouveau canal à la Jeune Autise, au sud du même hameau. C'est finalement cette seconde option qui est retenue.

A la suite de la déclaration d'utilité publique adoptée le 20 juin 1850, il faut attendre le 12 juin 1852 pour que les travaux soient adjugés à François Allard, entrepreneur à Courçon. Mais celui-ci fait finalement défaut et est remplacé le 6 mars 1854 par Charles Baudry, entrepreneur à Maillé. Or, celui-ci est à son tour écarté deux ans plus tard, étant incapable de mener le chantier à terme. Le 17 janvier 1856, l'opération est confiée à un troisième entrepreneur, Pierre Manteau, du Mazeau, avec une augmentation de prix de 10 296 francs (sur un total estimé en 1847 à 26 000 francs).

Enfin achevé, l'ouvrage est complété en 1860 par la canalisation de la rivière de la Vieille Autise entre le pont de la Grande Bernegoue et la tête du canal de Bourneau, près d'Andremont, en même temps que le creusement du canal d'Andremont, à Damvix, à l'est de la Grande Bernegoue. Le tout forme alors, avec le canal de Ret, un linéaire complet entre la rigole de la Rive droite, au Mazeau, et la Sèvre Niortaise via le grand port de Maillé. Quant à l'ancien bief de Bourneau, désormais inutile, le conseil municipal du 2 février 1857 autorise le maire à le vendre aux riverains.

Enfin, en 1895, on trace le chemin de halage qui longe la rive gauche de la Vieille Autise et relie dès lors la Grande Bernegoue à la tête amont de la rigole de Bourneau. A cette occasion est construit le pont qui enjambe la Vieille Autise et marque l'entrée du canal.