Vers 1870, les habitants de Nessier, comme ceux d'Aziré, demandent la création d'une école de hameau, estimant que les écoles du bourg de Benet sont trop éloignées. D'abord rejetée, l'idée est finalement reprise par le conseil municipal les 4 et 25 mars 1877. Dès le 22 mars, l'architecte fontenaisien Arsène Charrier présente les plans du projet de construction de l'école de Nessier (ainsi que ceux de l'école d'Aziré). Il propose de transformer une maison existante, appartenant à Pierre Tardy et Marie Rousseau (actuellement 49 route des Pictons, parcelle AO 98). Approuvés par décision ministérielle du 5 juillet 1878, les travaux sont adjugés le 1er septembre à l'entrepreneur Piron, après que la commune ait acheté, le 24 juillet, la propriété Tardy-Rousseau.

Cette première école, ouverte en 1879, s'avère rapidement insuffisante en termes de place disponible et de salubrité. En 1895, la commune décide donc de construire une nouvelle école, projet intégré dans le programme de travaux présenté par l'architecte Auguste Boudaud pour la construction de l'école des filles de Benet. Le terrain nécessaire est acheté le 19 mars 1896 à Louis Tallineau et Mélanie Cochard, et les travaux ont lieu à la suite. Le 4 février 1899, un arrêté préfectoral autorise la vente de l'ancienne école de Nessier, délabrée.

L'école a fermé en 1977. Ses locaux ont été vendus à un particulier.