La succession des propriétaires de Beaubigné est bien connue par les registres des plaids de la seigneurie de Fromentières et par les archives privées conservées sur place, mieux que ne le sont les diverses phases de transformation et d'agrandissement du manoir ; hormis la grande restauration de la fin du XIXe siècle sous l'égide d'un industriel fortuné, les autres campagnes ne sont pas documentées, notamment en l'absence d'étude archéologique plus approfondie ou de travaux de dendrochronologie.

Le manoir des XV-XVIe siècles

Selon l'abbé Angot, une famille de Beaubigné apparait dès le milieu du XIIIe siècle, avec un certain Lucas de Beaubigné cité en 1253. Huet de Beaubigné est procureur de Guillaume de Craon en 1337, puis Thibaut apparait dans un contrat avec l'abbé de la Roë en 1381. Bien que la famille subsiste au moins jusqu'au XVe siècle, les plaids féodaux de la seigneurie de Fromentières, dont relevait Beaubigné, indiquent que Hugues (ou Pierre ?) d'Arquenay est titulaire du fief en 1389, date à laquelle il rend aveu. En 1407, Jean Bahoul fait preuve qu'il est propriétaire de la terre de Beaubigné par son père Guillaume Bahoul, écuyer seigneur de la Bahoulière. La chapelle, dont il ne reste aucune trace, est fondée par sa veuve le 20 octobre 1444. Beaubigné possédait un droit de haute justice que lui contestait semble-t-il son suzerain de Fromentières.

Malgré les mentions plus anciennes, il ne reste apparemment aucun vestige antérieur à la guerre de Cent ans. La partie gauche du grand corps de logis apparait comme la plus ancienne et date sans doute de la 2e moitié du XVe siècle ; la tour d'escalier et ses petites ouvertures, sa porte à accolade, les petites archères-canonnières et les traces d'ouvertures murées de la façade postérieure appartiennent sans doute à cette première campagne. C'est peut-être également le cas de la tour circulaire qui était postée à l'un des angles de la cour du manoir. Les commanditaires de Beaubigné sont vraisemblablement Hugues d'Arquenay et son épouse Marie d'Avaugour, lesquels sont propriétaires au moins dès 1461 et rendent encore hommage en 1501 pour leur "herbergement, dommaine et appartenances de Baubigné, tant en fief qu'en dommaine", formule qui sera reprise dans les aveux postérieurs. On trouve à leur suite un certain Guyon d'Arquenay cité en 1503, puis Guy en 1534 (s'agit-il du même personnage ?), puis le fils de ce dernier Antoine (1538).

Le logis est probablement modifié à la fin du XVe siècle ou au début du XVIe siècle : le percement des grandes travées d'ouvertures couronnées de hautes lucarnes serait effectivement à rapprocher d'une seconde campagne, de même que la construction de cette curieuse galerie à travée unique formant porche. L'aile en retour à l'ouest pourrait dater de la même période : appuyée un peu maladroitement sur la tour d'escalier, elle apparait donc comme postérieure. De plus, le motif en accolade et fleuron couronnant la fenêtre de gauche est à rapprocher du linteau de la fenêtre du premier étage au centre du logis (toutefois très restauré). La forme des corbeaux de l'ancienne cheminée, qui encadrent aujourd'hui la porte sur le pignon, ne dément pas une datation jusque dans le début du XVIe siècle.

L'agrandissement du logis au XVIIe siècle

Par le mariage de l'unique héritière Julianne d'Arquenay, Beaubigné échoit à un personnage de premier plan, Nicolas d'Angennes (1533-1611), marquis de Rambouillet, conseiller d'Etat, "chevalier de l'ordre du roy et conseiller en son conseil, capitaine de cinquante hommes d'armes, son lieutenant général au pays du Maine et sénéchal dudit lieu". Proche de la couronne, chevalier des ordres du Saint-Esprit et de Saint-Michel, il rend aveu à la seigneurie de Fromentières en ces termes en 1580 : "ma court … dommaine et apartenances de Baubigné ainsi que c'ensuit et comporte tant en maisons, herbergement, boys, hayes, terres labourables et non labourables, vignes, plesses que austres choses". Retenu par ses fonctions à la Cour auprès de Henri III puis Henri IV, il est peu probable que ce haut personnage se soit intéressé de près à Beaubigné.

En 1608, Charles d'Angennes, fils du précédent, vend "la terre, fief et seigneurie de Beaubigné" à Guy Lasnier, membre d'une importante famille d'échevins d'Angers. Seigneur de l'Effredière à Craon, conseiller au grand conseil, il décède au manoir la même année. Après que Nicolas d'Angennes ait semble-t-il tenté de récupérer Beaubigné par une demande de retrait lignager, la veuve Lasnier, Charlotte Lelièvre, en obtient les titres en 1609. Lui succèdent son fils et son petit-fils prénommés Guillaume, le premier conseiller au parlement de Bretagne et mort en 1646, le second conseiller au grand conseil et mort en 1661. La veuve de ce dernier Marthe Lefebvre de la Faluère lui survit jusqu'en 1716. On doit donc sans doute au premier le remaniement de l'aile ouest, dont la lucarne centrale porte la date 1636. L'important agrandissement du logis vers l'est, avec trois travées symétriques, est à rapprocher de cette campagne par le traitement stylistique des lucarnes (avant leur restauration au XIXe siècle). De nombreuses acquisitions attestent de l'accroissement du domaine par la famille Lasnier.

Après une succession complexe, la famille du Tertre de Mée prend possession de Beaubigné dans le courant du XVIIIe siècle, probablement par Jeanne Lasnier qui avait épousé en 1649 René du Tertre de Mée. René, Paul, Jean-Baptiste et Jean-Baptiste-Hyacinthe se succèdent ainsi à Beaubigné jusqu'à la Révolution. Chevaliers de Sancé, ils possèdent également un remarquable hôtel particulier à Château-Gontier. Jean-Baptiste-Hyacinthe du Tertre de Sancé est maréchal de camps et armées du roi ; il assiste à l'assemblée de la noblesse à Angers en 1789.

Du manoir à la ferme

Mis au goût du jour au XVIIe siècle, Beaubigné semble donc un des rares manoirs bordant la Mayenne encore médiévaux qui demeure résidence seigneuriale jusqu'à la fin du XVIIIe siècle. En 1779, l'inventaire des meubles de la succession de Jean-Baptiste du Tertre, dont la veuve s'est alors retirée au château du Breuil en pays chartrain, fait état d'une demeure pleinement habitée par son propriétaire. La visite des lieux donne une idée de l'organisation des différents espaces. Le "château" comprend une grande salle, avec à côté la chambre "où couchoit M. de Sancé", avec cabinet, garde-robe d'où un escalier dessert l'étage ; office, cuisine, buanderie, chambres des domestiques dans une aile ; à l'étage du logis, les grandes chambres ; autour de la cour, une orangerie (qui compte huit orangers), une boulangerie, une écurie, une grange ainsi que la chapelle.

Jean-Baptiste-Hyacinthe du Tertre délaisse également Beaubigné pour le château du Breuil et consent en 1784 à Marie-Louise de Létendart la vente du domaine sous condition de réméré pour 160 000 livres, pour dédommager cette dernière de la part qui lui revenait dans la vente de la baronnie de Preuilly en Touraine. Il récupère seulement trois ans plus tard sa dite "terre et seigneurie de Beaubigny, fiefs y joints, château, bâtiments, moulin, métairies, terres, prés, bois, vignes, cens, rentes, droits seigneuriaux". En 1792, il est déclaré émigré et ses propriétés considérées - un temps seulement - comme bien national : la terre de Beaubigné, alors affermée pour 5 200 livres, "composée du château et domaine de Baubigné, la closerie de la Pitoiserie, la métairie du Chêne Vert, la métairie de la Ferrerie, la maison de la Jumalerie et la closerie de la Roche, les deux moulins et un petit bois taillis nommé le bois de Montaumer". Nièce de Jean-Baptiste-Hyacinthe, Catherine-Jeanne du Tertre de Sancé avait épousé, en 1754, Joseph-François de Préaulx. C'est cette famille qui possède Beaubigné à partir de 1813.

A la levée du plan cadastral napoléonien en 1833, le marquis Joseph de Préaulx, résidant à Paris, est propriétaire de l'ancien manoir composé de nombreux bâtiments répartis sur le pourtour d'une cour rectangulaire, accolée à un grand potager carré. Une allée rectiligne, toujours existante, a été tracée au XVIIIe siècle pour se greffer à la nouvelle route de Château-Gontier. Au décès de Joseph de Préaulx en 1852, Beaubigné va à son fils cadet, le comte Charles-Etienne de Préaulx, lequel revend presque aussitôt à René-Paul Vincent Lefebvre de Champorin, propriétaire des châteaux d'Erbrée à Fromentières et de Castillon près de Caen. L'estimation de 1852 décrit un ensemble déjà délabré, comprenant "un vieux château, formant au rez-de-chaussée une cuisine, une salle, un bureau et un petit vestibule, de l'autre côté de la cuisine un cabinet, une chambre froide et cave au-dessous ; au premier étage trois chambres à feu et une froide ; le grenier est composé de plusieurs mansardes".  Il cite également une aile abritant les anciennes cuisines converties en remises, la vieille chapelle transformée en bûcher, la maison de garde accolée à l'ancienne tourelle, ainsi que les dépendances agricoles : hangar, écurie, grange, étables, toits à porcs, pressoir.

La restauration de la fin du XIXe siècle

Devenu ferme et peu entretenu pendant un siècle, Beaubigné tombe en ruine. Une poétique et pittoresque description d'Albert Lemarchand, publiée en 1872, évoque "une demeure fort délabrée. La toiture va chaque jour s'effondrant, et il y a comme une lèpre grisâtre sur les ardoises qui ont résisté au temps et aux bourrasques. A tous les angles de la façade, les pierres sont écornées ou effritées. Les armoiries sculptées sur la clef de voûte des portes ont été tellement martelées qu'elles sont devenues indéchiffrables […]. Mais le castel de Baubigné, tel qu'il est, appauvri, éraillé, délaissé, au fond de sa cour verdir où les poules picorent autour de la margelle affaissée du puits séculaire, ne vous semble-t-il pas infiniment préférable au plus fier, au plus correct de nos châteaux modernes ?"

Le domaine est racheté en 1884 par Benoît-François-Paul Geoffroy, et son épouse Henriette Cotar, demeurant rue Legendre à Paris. Ce sont eux qui sauvent Beaubigné et remodèlent entièrement le manoir : l'achèvement des travaux, réalisés pour l'essentiel entre 1886 et 1890, est enregistré par les matrices cadastrales en 1892. Le manoir, dont certaines photographies accusent l'état de délabrement avant cette date, est fortement restauré dans le goût néogothique par l'architecte angevin Jules Dussauze et l'entrepreneur Lainé, de Fromentières. Les meneaux des fenêtres sont restitués, la partie supérieure du porche est remodelée en terrasse avec un haut pinacle, les rampants de la tour et des lucarnes sont garnis de choux frisés et de fleurons. La façade postérieure est largement remaniée par le percement de nouvelles fenêtres. L'intérieur est entièrement transformé : boiseries, grande cheminée, nouvel escalier dans la tour, peintures murales et papiers peints, vitraux rapportés. Dans son dictionnaire topographique, l'abbé Angot, contemporain des transformations de Beaubigné, évoquera un peu sévèrement "la décoration surabondamment restituée". Comme Noëlle Combe le souligne, il convient de considérer Beaubigné comme un rare exemple de restauration archéologique d'un manoir médiéval par un propriétaire privé au XIXe siècle, le seul identifié dans la vallée de la Mayenne.

Toujours d'après Noëlle Combe, les noms des entreprises Bordereau pour les vitraux, Boch pour les carrelages, Chappée pour la fonte, apparaissent dans les archives de Beaubigné (documents non retrouvés). Amateur d'art et d'architecture, lui-même peintre autodidacte, Benoît Geoffroy meuble son château de boiseries et peintures chinées ou ramenées de voyages, notamment d'Italie ; il aménage dans l'aile ouest un grand atelier de peintre éclairé d'une verrière. Les derniers mémoires de Lainé attestent de ses travaux sur les communs, entièrement reconstruits, les jardins et le parc. D'après Yannick Le Digol, les encorbellements en pan-de-bois de l'écurie et de la maison du gardien, aux poteaux très équarris, sont bien de la fin du XIXe siècle et non issus du remontage d'un bâtiment ancien. Un nouveau potager est aménagé derrière le manoir, où on élève également une orangerie et une serre. Par la suite, la vieille chapelle est démolie pour ouvrir l'espace et permettre la création d'un parterre à la française, avec topiaires et broderies de buis (en partie disparus aujourd'hui). Dans les années 1930, le château appartient au comte et à la comtesse Walsh de Serrant.

Beaubigné est partiellement inscrit Monument Historique en 2002 : façades et toitures du manoir, atelier de peintre, communs, parc et jardin. Les extérieurs sont ouverts à la visite en période estivale.