Les recherches effectuées par le marquis de Beauchêne dans les archives anciennes révèlent que la première mention de la Coquère remonte au XIe siècle, alors que les seigneurs de Sept-Forges donnent à fieffe une grande partie de leurs terres. Le lieu de la Coquère compte alors parmi ceux qu'ils se réservent. La Coquère est de nouveau mentionnée à la date du 20 juin 1153 dans une charte qui confirme les seigneurs de Sept-Forges dans leurs droits, ainsi que les métayers de la Coquère, de Cheviers, de Fresnay et de Beauvais. Cette métairie passe entre les mains de la famille de Boulay au cours de la première moitié du XIVe siècle.

La Coquère était, au XVIIe siècle, un fief noble. Le lieu-dit est représenté comme tel sur la carte de Cassini. La copie d'un acte du 12 avril 1635, conservée dans le chartrier du Bois-de-Maine, atteste de ce statut. Il relate les velléités de Michel d'Escoublant, seigneur de la Touche, d'Escoublant et de la Sorinière, d'échanger avec François de la Cignongne, seigneur de Moncruchat et du Bois-de-Maine, "le lieu, domaine, métairie noble du Boullay, vulgairement appelé la Coquère, en la paroisse de Rennes", avec la métairie de la Forge, également située à Rennes. Cet acte n'a jamais été exécuté, et en 1690, le lieu de la Coquère et ses dépendances appartiennent au seigneur de Cheviers.

Au moment de la Révolution, la métairie de la Coquère appartenait à l'émigré Pitard de la Brisollière. Une visite du lieu est effectuée le 27 Germinal an II. Celle-ci décrit une ferme composée de trois corps de bâtiments séparés : "un servant cy devant de maison de maître, distribuée en une salle, cuisine et laverie au rez-de-chaussée et au premier étage deux chambres et un cabinet et grenier sur le tout, un autre corps de bâtiment servant de grange et toit à porcs au bout et un autre servant d’écurie et deux étables avec fenil dessus, de plus un four dans la cour ou plant, et à l’orient de la maison manable, un jardin à légumes et clos à côté, avec une petite marre à poisson, au midy de la dite maison". Le tout est estimé à 60 livres. La ferme est revendue 19 000 livres au capitaine Gillard le 22 octobre 1808.

La comparaison entre le cadastre ancien et le bâti actuel montre que 3 des 4 édifices répartis autour de la cour sont antérieurs au début du XIXe siècle, ce qui correspond à la visite effectuée l'an II de la République. La maison, avec son toit à croupe, son étage carré et ses trois travées, date sans doute de la première moitié du XVIIIe siècle, bien que les encadrements de ses ouvertures aient été modifiés. Sa forme, sa taille ainsi que son accès par une allée bordée d'arbres (présente en 1813, date du cadastre napoléonien), en rejoignant une seconde qui coupe la première perpendiculairement, sont autant de marqueurs de la noblesse du lieu.

Bien que la grange-étable à fond de grange, fermant la cour à l'ouest, présente les mêmes proportions que le bâtiment représenté sur le cadastre ancien (1813), la mise en œuvre des matériaux (assises de moellon de granit équarri et baies en plein cintre présentant un claveau central plus grand que les autres) plaide pour une construction du milieu du XIXe siècle. L'étable, au sud, bâtie en petit moellon non assisé, pourrait lui être antérieure (XVIIIe siècle ?). Une étable-fenil et remise a été ajoutée au nord de l'ensemble dans la première moitié du XXe siècle.