D'après l'historien angevin Célestin Port, le centre de la paroisse primitive était situé à l'origine, à l'est du bourg actuel, au lieu-dit Saint-Germain, ancien centre antique avec église et cimetière dont on voyait encore des vestiges à la fin du XIXe siècle. Mais il existait dès le milieu du XIe siècle une villa à Botz, chef-lieu d'un des domaines agricoles de l'abbaye de Saint-Florent (villa Sanctii Florentii que Bornus dicitur). L'église Saint-Gilles, au cœur du village, est mentionnée dans les bulles papales d'Innocent II en 1143 (ecclesiam Sancti Egiddii de Borno).

Le bourg s'est développé autour de cette église installée au carrefour de l'ancienne route de Beaupréau à Saint-Florent-le-Vieil et de chemins secondaires reliant Chaudron-en-Mauges, Saint-Laurent-du-Mottay, Beausse, la Chapelle Saint-Florent et la Boutouchère. Le cimetière ancien se situe, au sud de celle-ci, sur la route de Chaudron.

L'îlot le plus ancien repéré, formé par quelques maisons du XVIIIe siècle, se situe entre la rue du Four et la rue du Chanoine-Daveau. Mais la grande majorité du bâti a été reconstruite dans le courant du XIXe siècle. D'après Célestin Port, la commune de Botz comptait en 1872 1014 habitants dont 325 dans le bourg formé de 87 maisons : "la plupart couvertes en tuiles, quelques-unes en ardoises, le tout d'aspect neuf et riant".

Le XIXe siècle marque en effet le renouveau des constructions publiques et civiles. L'église paroissiale Saint-Gilles est rebâtie sur une nouvelle orientation à partir de 1859. La démolition de l’ancien édifice donne naissance à la place Jeanne d'Arc autour de laquelle plusieurs maisons sont élevées. En 1893, cette place devient le centre d'un nouveau quartier avec le creusement d'un puits et d'une borne fontaine. Dans les mêmes années, le cimetière situé sur la route de Chaudron-en-Mauges et décrit par Célestin Port "comme ancien, mal clos et mal tenu" est agrandi.

Le bourg s'étend à l'ouest dans la deuxième moitié du XIXe siècle. Les maisons numérotées de 18 à 30 de la rue de la Croix-Baron sont réalisées entre 1869 et les années 1880. Elles rejoignent les nouvelles écoles publiques bâties en 1859. L'ouverture de la route départementale par ailleurs permet la création d'un nouvel écart : la Croix-Baron, constitué de cafés et de boutiques, à partir des années 1840.

Parallèlement, la création de l'usine de tarares au milieu du XIXe siècle dynamise l'entrée orientale du bourg de Botz-en-Mauges. Les premiers bâtiments construits en 1866 occupent l'angle des rues de la Croix-Baron et Jean Papin. Puis l'usine s'étend le long de la rue Jean Papin en 1868 et en 1886. Au début du XXe siècle, l'ensemble occupe une zone importante à l'échelle du village. La seconde moitié du siècle voit la construction de plusieurs lotissements communaux : Rouiller en 1965 (3 logements), Plein-Soleil en 1974 (24 logements), les Acacias en 1982 (18 logements) et les Charmes en 2000 (7 logements).