Le territoire de Botz-en-Mauges conserve des vestiges d'occupation ancienne. Jules Spal signale dans les années 1870 que "les traces celtiques sont nombreuses sur le territoire et notamment dans la partie est où se trouvent de nombreuses haches celtiques dans les champs de la Cheminière, la Ferbeterie, du Moulin-Moreau et tout autour de Saint-Germain où semble avoir été le noyau primitif de cette population". L'inventaire des collections publiques et privées engagé par Jean Mornand, ainsi que l'appel à participation de la population, proposé par le C.P.I.E. Loire Anjou, ont permis d'inventorier au total 39 haches polies sur la commune datant du Néolithique, confirmant une forte implantation entre le dolmen de la Rielle (La Boutouchère), le parc du château du Plessis (Chaudron-en-Mauges) et le village de Saint-Germain (Botz-en-Mauges). L'Atlas des patrimoines pointe quatre enclos d'âge indéterminé (La Petite-Ecorcière, la Haute-Souchaie, le Plessis, la Ferbeterie) et deux deux enclos du second Âge du Fer (la Petite-Ecorcière et la Gourèterie).

La paroisse de Botz semble avoir été constituée dès la fin du XIe siècle et formait une villa dépendant de Saint-Florent vers 1055-1070 (villa Sancti Florentii que Bornus dicitur). L'église paroissiale Saint-Gilles est signalée pour la première fois dans la bulle papale d'Innocent II du 1er février 1143 énumérant les églises du territoire exempt (ecclesiam Sancti Egidii de Borno). L'orthographe actuelle "Botz" ne devint fréquente qu'à partir du XVIIe siècle. Avant cette date, on retrouve dans les sources écrites les formes Bornum (XIe siècle), Bournois (XIVe siècle), Bour, Bor, Bouz ou Boz (XVIe siècle), toutes formes, d'après Célestin Port, tirées du radical latin Bo signifiant forêt.

La paroisse primitive semble s'être située, toujours d'après Célestin Port, plus à l'est, au lieu-dit Saint-Germain, ancien centre antique avec église et cimetière dont on voyait encore des vestiges à la fin du XIXe siècle. L'église Saint-Germain (ecclesiam Sancti Germani) est mentionnée dans la bulle papale de 1143. Dès la fin du XIIe siècle, son service paraît néanmoins avoir été transféré dans l'église Saint-Gilles de Botz. Jusqu'au XVIIe siècle, le curé était néanmoins tenu d'y venir célébrer la messe, de quinzaine en quinzaine, les jours de dimanche et de fêtes, notamment la veille et le jour de Saint-Germain.

La plupart des terres de Botz relevait de la cellérerie de Saint-Florent-le-Vieil. Le cellérier y détenait notamment une grange à dîme et un pressoir dans le bourg, les moulins de Gévrisse et de Sienne (voir dossier IA49011366 : collectif moulins de Botz), ainsi que la métairie de la Ferbeterie, située sur la paroisse de Saint-Germain, qu'il avait acquise en 1247 auprès de Odard, camerier de Pierre de Brenne, seigneur de Champtoceaux. Au milieu du XIIIe siècle, le cellérier avait également pour domicile personnel une maison dans le bourg de Saint-Gilles de Botz mais dès le milieu du XVIe siècle, il avait réintégré Saint-Florent où il possédait "maisons, greniers, cave et cellier" dans l'enclos abbatial.

Les deux principaux fiefs de la paroisse étaient ceux de Saint-Germain et du Plessis-Bitault. Saint-Germain appartenait au début du XIVe siècle à la famille du même nom (Huguet de Saint-Germain, 1318), puis il passa aux Lebeneux (Jean Lebeneux, 1478), aux de la Rivière (Guillaume de la Rivière, 1541, 1550, 1567) puis aux Chenu, seigneurs du Bas-Plessis (Gilbert Chenu, 1641). Ces derniers exerçaient dans la chapelle tous droits exclusifs de fondation et de seigneurie. Le Plessis-Bitault, avec maison noble, appartenait depuis au moins le début du XVIe siècle à la famille éponyme.

Au XVIIIe siècle, Botz dépendait de l’élection et de la sénéchaussée d'Angers et, en 1788, du district de Beaupréau avant d'être rattaché en 1790 à celui de Saint-Florent. En 1741, la population de la paroisse s'élevait à 770 habitants puis à 907 en 1792. Les Cahiers de doléances témoignent de la difficulté des moyens de communication, notamment entre Saint-Florent et Beaupréau et "tout le commerce se fait avec Montrevault, où les habitants vont vendre leurs bêtes, chaque mercredi".

Durant la Révolution, le territoire souffre considérablement de la guerre. Le "choc de Chaudron" du 25 avril 1793 se déroule en partie sur le territoire. En 1810, un devis pour des réparations à effectuer dans l'église et le presbytère mentionne que les deux édifices ont été incendiés. Le 12 mai 1832, à la suite d'une excursion des chouans, le bourg est occupé par 150 soldats logés chez les habitants dont huit chez le curé.

Au XIXe siècle, l'économie de Botz-en-Mauges est essentiellement tournée vers l'agriculture. En 1872, sur 1014 habitants, 722 vivent directement ou indirectement de l'agriculture (71,2 %), 254 de l'industrie (25 %) et 38 du commerce, de leurs rentes ou d'autres professions (3,8%).