Quenesquen est cité dès 1206 dans un acte par lequel André de Vitré et Éon de Pontchâteau se partagent la châtellenie de Guérande que le roi de France, Philippe Auguste, leur avait donnée pour leurs bons services. André reçoit Quéniquen et Larmor, toute la partie qui est au sud de la route de Guérande à Saint-Nazaire, sauf Saillé, et un tenement des bourgeois de Guérande. Éon est gratifié de ce qui est au nord de la route de Guérande à Saint-Nazaire, avec le bourg de Guérande et Saillé. On trouve ensuite dans les textes Qnechguen en 1395, Qunechquen en 1431, Quenequen en 1476, Queneven en 1479, Quenecven, en 1586, Quenquen en 1701.
Sous l'Ancien régime, Quéniquen est le centre d'une frairie importante regroupant, outre le village lui-même, les écarts de Kerignon, de Pradel et de Congor. Au Moyen Âge et sous l'Ancien Régime, les Dominicains de Guérande y possédaient plusieurs biens.
En 1851, le village est le troisième plus gros écart de Guérande. Il comporte alors 327 habitants répartis en 89 ménages. Les chefs de foyer sont à 64 % des paludiers (54 sur 89). On dénombre également : 4 sauniers, 9 employés des douanes, 1 aubergiste, 1 cultivateur, 2 fermiers, 1 fournier, 1 jardinier, 6 journaliers, 1 laboureur, 1 lingère, 1 mendiant, 2 propriétaires/rentiers et 3 religieuses.
Les logis les plus anciens datent de la fin du Moyen Age et du début de l’Époque Moderne (n° 4 et 6 chemin de la Fontaine-Neuve). Plusieurs maisons sont bien datées par des chronogrammes des XVIIe et XVIIIe siècles (1633, Impasse du Four ; 1636, n° 7 rue du Tenny ; 1656, n° 1 rue du Rocher ; 1715, n° 2 rue du Rocher). Quelques unes ont fait l'objet d'une reconstruction dans le courant du XIXe siècle (1832, n° 5 rue de la Croix ; 1863, n° 31 rue de Kérignon).
Photographe.