Cette vanne ou bonde a été créée en 1707 lorsque la Société des marais desséchés de Vix-Maillezais a décidé de modifier son réseau de bondes destiné à abreuver ses marais en période sèche. Une ancienne bonde, située au Sablon (sans doute dans les marais du Sablon, là où s'est ensuite établi un passage par bac), est alors supprimée car les cabaniers ou fermiers des environs estiment qu'elle donne trop d'eau dans leurs fossés. La vanne est déplacée plus en aval, "où est la loge de Jourdain".

La surveillance de la nouvelle bonde est dès lors confiée audit Jourdain, soit Jean Jourdain (1670-1743), pêcheur, marié à François Mimaud (1671-1749), puis à leurs descendants. La vanne et, avec elle, le lieu-dit prennent le nom de cette famille : la bonde des Jourdain. Le chef de famille, chargé de la surveillance de la bonde, devait habiter dans une maison voisine, devenue ensuite une ferme. Plusieurs autres membres de la famille habitaient les fermes et maisons des environs.

Le plan cadastral de 1836 mentionne une petite construction abritant la bonde, abri reconstruit en béton à la fin du 20e siècle.