La porte a été créée au moment du creusement du canal de Vienne, du moins de sa partie avale, dans les années 1640. Dans un premier temps en effet, le canal de Vienne n'étant pas prolongé jusqu'à l'anse du Brault, ses eaux empruntaient l'ancien achenal du Commandeur, devenu canal de l'Epine. La porte n'a donc été créée que lorsque le canal de Vienne a été achevé. Elle figure, avec le logement de garde, sur la carte des marais du Petit-Poitou par Siette en 1648, puis en 1701 et 1704 sur des cartes de la région par Claude Masse. En 1705, ce dernier établit un Plan de divers ecluses couppes et profils qui sont à la teste des canneaux qui se deschargent dans la rivière de Sèvre niortoise. La porte du canal de Vienne figure parmi les ouvrages représentés (plan A, en bas à gauche du document).

Tout en conservant les mêmes principes de fonctionnement, la porte est ensuite reconstruite, en tout ou partie, au cours des siècles suivants, au fur et à mesure de son entretien et des conséquences d'inondations. Une reconstruction plus importante que les autres a lieu au début du XIXe siècle. Un devis en est établi le 15 septembre 1799 par M. Champion-La Bretonnière, ingénieur des Ponts et chaussées. La pierre de taille de l'ancienne écluse sera réutilisée, ainsi que de la pierre de taille issue des carrières de Saint-Savinien, du moellon du pays, du sable de la sablière de Puyravault pour la chaux, et du bois de chêne pris aussi dans les environs. Les travaux ne sont adjugés que le 12 novembre 1818, devant Me Vinet, notaire à Fontenay-le-Comte, à Pierre Pin, charpentier et entrepreneur d'ouvrages à Bourg-Chapon, commune de Charron. Cette adjudication est toutefois résiliée dès janvier 1819, Pierre Pin étant incapable de réaliser le chantier, qui prend ainsi du retard. A la fin du 19e siècle ou au début du 20e, le portique et la crémaillère en métal qui soutiennent la vanne, remplacent la vis en bois. Les derniers réaménagements sont réalisés en 2011, à la suite de la tempête Xynthia de février 2010.

A l'origine, comme la plupart des portes autour de la baie de l'Aiguillon, la porte était accompagnée d'une habitation servant de logement de fonction au gardien engagé par la société de marais pour entretenir, surveiller et manoeuvrer la porte. Ce logement se trouvait sur la rive droite du canal, dans l'espace entre le canal et la route D10A. Il a été démoli en 1996.