L'origine du pont est difficile à établir. La tradition orale veut qu'il tienne son nom des premiers êtres vivants qui l'aient franchi après sa construction. Si le canal qu'il enjambe n'a été creusé qu'à la fin du 17e siècle, il semble qu'il existait là un trou ou fosse, selon le témoignage de Françoise Moinet épouse Audineau, habitante de Vix, en 1760. Cette fosse devait être franchie par un pont comme semble l'indiquer un acte notarié du 28 juin 1652 portant partages de biens de René Revillaud, époux de Marie Fonteniou : parmi ces biens se trouvent une motte et bois au lieu "du pont aux chèvres".

Le pont est toutefois reconstruit au moment du creusement du canal, en 1696. Le 26 juin, devant l'assemblée générale de la Société des marais de Vix-Maillezais, le directeur indique qu'on a commencé à travailler au canal et qu'il faudra "faire faire le pont à neuf (...), et pour faire lequel pont ledit sieur directeur, en présence du caissier et commis, étant au bourg de Vix, le douze de ce mois, a fait marché avec Charles Dupuy, Pierre Bernard et Pierre Paillé, maçons et tailleurs de pierres (...). Ledit pont aura neuf pieds d'ouverture, les murailles de quatre pieds d'épaisseur et la voûte élevée de neuf pieds, et sera de douze pieds de longueur et douze pieds de largeur, avec un bon pavé au-dessus de la voûte, et des garde-fous aux deux côtés". A l'assemblée suivante, le 13 octobre 1696, on indique que le pont est achevé.

Bien plus tard, le pont apparaît sur le plan cadastral de 1836. En 1865, la réfection et l'allongement vers Maillé de la route D25 entraînent un accroissement de la circulation sur le pont. Le conseil municipal du 26 juillet 1871 constate que le pont est dans un état déplorable. Sa reconstruction, urgente, est dès lors nécessaire. Elle n'est pourtant réalisée qu'à la fin du printemps 1874 : les 28 et 29 avril, les commissaires de la Société des marais de Vix-Maillezais indiquent dans leur rapport annuel que ces travaux vont avoir lieu "d'ici peu de jours". La Société a obtenu à cette occasion un élargissement de 50 centimètres du débouché du pont, pour faciliter l'écoulement de l'eau. Cette largeur (4,5 mètres au total) sera la même que celle du barrage établi en 1871 en aval du pont pour, si nécessaire, retenir l'eau en amont à la saison sèche. Dans le même temps, l'abreuvoir en amont du pont est lui aussi reconstruit, suivant décision du conseil municipal du 6 janvier 1874.

En septembre 1953, le conseil municipal décide d'installer une pompe électrique à proximité du pont, pour que chacun puisse puiser de l'eau dans le canal, l'ancien puits qui se trouve en aval n'étant plus suffisant. A noter que les parapets du pont ont été surélevés d'une assise de pierre en 2018, avant le passage du Tour de France cycliste.