Le 26 juin 1696, la Société des marais desséchés de Vix décide de construire "un petit pontreau de cinq à six pieds de large pour facliter l'entrée et passage de Vix dans les marais de Boisdieu et Maillezais et des derrières de Vix". Il s'agit probablement du pont du Petit Bot. Le pont est situé sur ce qui, jusqu'en 1865 et la construction de la route D 20, constituait le seul chemin reliant Vix et Doix à travers les marais desséchés. L'itinéraire apparaît sur le plan cadastral de 1836, avec à cet endroit une différence par rapport à aujourd'hui. A cette époque en effet, le chemin suivait le coude formé ici par la route d'eau puis franchissait celle-ci, en formant un autre coude, par un pont situé un peu plus au sud-est que le pont actuel (le parcellaire des terrains voisins a conservé la forme de cet ancien franchissement). Le chemin a été rectifié, et ces coudes successifs supprimés, en 1862, selon le cadastre.

Le pont est reconstruit à la même occasion mais semble rester dans un premier temps à son emplacement initial : le conseil municipal du 21 juin 1863 précise que le chantier, confié à MM. Bourgoin et Mignonneau, sera achevé d'ici juillet. Ce n'est qu'en 1879, semble-t-il, que le pont est déplacé sur le nouvel itinéraire du chemin de Vix à Doix, et donc reconstruit. Le 2 mars, le conseil municipal indique que le terrain nécessaire à la construction du pont du Petit Bot sur le chemin de Vix à Doix a été acheté. La date 1891 est cependant inscrite sur le parapet nord du pont (angle ouest). Elle pourrait se rapporter à la construction du pont, ou bien être un simple graffiti réalisé postérieurement.