Peu de temps après les grands travaux de dessèchement des marais alentours, réalisés dans les années 1660, la Société des marais desséchés de Vix-Maillezais se heurte à d'importantes difficultés qui mettent en cause l'existence même du dessèchement : inondations, rupture des digues, évacuation insuffisante de l'eau... Celle-ci s'accumule notamment au nord de l'ancienne île de Vix, qui en bloque l'écoulement, sans compter que l'eau se déverse depuis les marais mouillés de Montreuil et Doix, au nord. Décision est alors prise de creuser un nouveau canal prenant naissance au nord de Vix et chargé d'acheminer toute cette eau vers le canal de Vix, au sud.

Le canal du Pont aux chèvres est ainsi creusé au printemps et à l'été 1696. L'assemblée générale de la Société de Vix-Maillezais du 26 juin le qualifie de "canal de grande conséquence parce qu’il sert à descouler les eaux des derrières de Vix et partye de celles des marais de Doix". L'assemblée du 13 octobre suivant précise que 300 ouvriers sont employés à l'opération. Le nouveau canal prend alors son nom du pont qui le franchit là où il traverse les terres hautes calcaires de l'ancienne île de Vix, à l'un des endroits les plus bas de celle-ci. Ce passage à travers la "banche" de Vix est d'ailleurs une difficulté importante : "La banche est presque toute couppée si bien que à présent il en coustera beaucoup moins, n’y ayant presque que du bris", rapporte le directeur de la Société ce même 26 juin 1696.

En 2005-2010, les murs de soutènement du canal dans la traversée du village du Pont aux chèvres, qui s'éboulaient, ont été relevés en béton. Les abords et les rampes d'accès ont été réaménagés en 2013, suivant le projet présenté par le cabinet d'architecture Frênesis, de Maillezais.