La famille de Bogat qui détenait la seigneurie du même nom jusqu'à la fin XVIe siècle est l'une des plus anciennes familles nobles connues à Guérande. Bigot de Bogat est en effet cité entre 1082 et 1106 comme témoin dans la donation de deux parts d'un moulin sis à Saillé, faite par Rohaldus, viguier de Guérande, à l'abbaye Saint-Aubin d'Angers.

Le manoir n'est pas mentionné dans les sources écrites avant 1419. À cette date, Olivier de Bogat, fils aîné de Jean, rend aveu pour son herbregement de Bogat, ses courtils avecque yssues et appartenances, ses bois et garennes, son moulin à vent, etc. La terre appartient en 1421, à Fleuri Arsal, veuve de Jehan de Bogat, puis en 1540 à Jean, héritier de Guillaume de Bogat. Julienne de Bogat possède le manoir en 1581, puis à Marie Cramezel, femme de Jacques-Charles Danisy, en 1679. En 1749, les héritiers de Charles Danisy, écuyer, et d'Anne Gazet en rendent aveu, puis, en 1773, ceux d'Eulalie Danisy, veuve de Claude-Joseph de Monti, chevalier, seigneur et dame de Bogat.

Le manoir, largement remanié à la fin du XVIIe siècle ou au début du XVIIIe siècle, possède visiblement un noyau ancien (aile nord) datable de la 2e moitié du XVe siècle ou du tout début du XVIe siècle. Sa métairie est attestée dans l'aveu de 1540 mais le bâtiment actuel a vraisemblablement été reconstruit vers 1604, comme l'indique le chronogramme sur l'une de ses portes. Le moulin de Bogat était déjà en ruine à cette date car le texte n'en mentionne que la « masse ». La métairie de Mébriant dépendant également du domaine est citée dès 1720 dans le rôle de la capitation. Elle était affermée à cette date à Jean Becdelou (voir dossier). Le manoir possède également une chapelle datée 1779. Un bois de haute futaye et des jardins sont signalés dans l'aveu de 1749.