En 1850, une ordonnance épiscopale de l'évêque de Nantes, confirmée par un décret du Président de la République érige l'ancienne chapelle de la Madeleine en succursale de la paroisse de Guérande et de Saint-Lyphard. Le 4 août 1850, l'abbé Loiseau, précédemment vicaire de Saint-Joachim en est nommé titulaire. Des travaux de réparation de l'ancienne chapelle, située à l'ouest du bourg, sont aussitôt engagés : réparation de la couverture, remplacement de la porte, fermeture du clocher, percement d'une fenêtre.

Toutefois, dès 1854, l'abbé Loiseau se met en quête de fonds pour l'érection d'une nouvelle église. Le plan de financement établi prévoit une dépense totale de 30 000 frs, dont un tiers doit être pris en charge par l’État. La première adjudication pour les travaux de construction a lieu le 10 novembre 1857, et la seconde le 7 février 1859. La construction est confiée à M. Miche, entrepreneur à Guérande, avec le concours de MM. Guillouzo, couvreur, et Simon, charpentier. Les matériaux de construction proviennent essentiellement des carrières locales. Dès janvier 1855, la commune de Guérande avait fait une donation de 40 toises de pierres extraites de l'île de la Madeleine. La pierre de taille de granite est extraite à Clis, les moellons à Kerbourg. Des pierres de tuffeau sont néanmoins transportées de Nantes à Rozes puis à Bréca par blins, d'autres transitent par Le Pouliguen. Le sable est acheminé de Kerna à la Demenne, il en vint également de Batz, d'Escoublac, de l'Enclis et des ruisseaux du voisinage notamment de Kervinche. La chaux est achetée à Méans et transportée par blins jusqu'à Bréca.

Le 25 avril 1859, le curé de Guérande bénit la pose de la première pierre. Le 31 mars de l'année suivante, la couverture est quasiment terminée et les vitraux placés. En 1862, le curé de la paroisse fait exécuter les lambris par le charpentier Sorin et la peinture par Gauffroy sous la direction de l'architecte Henri Gilée. Entre le 20 août et le 10 octobre 1863, Jean-Marie Pichon et son frère Pierre, taillèrent et posèrent le dallage en pierre de l'église. La pierre acheminée depuis le corps de garde de La Dilane, à Batz, nécessita 124 charretées.

Au total, les dépenses engagées (maçonnerie, charpenterie, couverture, plomberie, menuiserie, serrurerie, peinture, vitrerie et honoraires de l'architecte) s'élevèrent à 28 591, 32 frs, auxquelles s'ajoutèrent les travaux de lambris, peinture et pavage pour la somme de 5 051, 64 frs.