Le petit canal de la Société de Vix a dû être creusé vers la fin du 17e siècle dans le cadre des travaux menés par la Société des marais de Vix-Maillezais pour améliorer l'écoulement de l'eau dans ses marais desséchés. Parallèle au canal de Vix, il a dû être conçu pour augmenter la capacité d'évacuation de l'eau des marais entre Vix et L'Île-d'Elle, tout en permettant d'édifier une digue supplémentaire en arrière de la Grande levée de Vix, entre lui et le canal de Vix. Son creusement n'est toutefois pas explicité dans les archives de la Société. Le canal apparaît en tout cas sur la carte de la région par Claude Masse en 1701. Jacques Parent le représente sur ses coupes du canal de Vix et de la Grande levée de Vix en 1767, et figure bien sur les plans cadastraux de L'Île-d'Elle et Vix en 1834 et 1836.

En 1965, lors des grands travaux des marais de l'Ouest, le réaménagement du canal de Vix aboutit à la suppression du petit canal sur une grande partie de la traversée de la commune de Vix : entre le canal du Pont Tord où il prenait naissance, et les nouvelles pompes de la Grande Cabane, le petit canal est comblé et l'étroite bande de terre qui le séparait du canal de Vix est supprimée. Deux portions de cette bande de terre demeurent au Pont de Vix et à la Bijetrie. A son embouchure, le canal est raccourci d'une centaine de mètres : avant ces travaux, il se jetaient dans le canal de Vix derrière l'actuel 4 route de Fontenay.