Le canal a été creusé à partir de 1656 environ, au moment du dessèchement des marais de Vix, Maillé et Maillezais, en amont de Marans. Pour ce faire, la Société des marais a dû passer des accords avec les riverains du canal, propriétaires des marais situés à L'Ile-d'Elle et à Marans, en dehors du périmètre de la Société, pour pouvoir faire passer son ouvrage sur ces terres. Ces accords ont été conclus entre 1656 et 1660. Le canal de Vix a pu entrer en fonctions après la construction de l'aqueduc de Maillé et de celui du Gouffre en 1663-1664.

A l'origine, le canal devait être beaucoup plus long vers le sud-est, ayant vocation à écouler les eaux depuis Coulon et la Garette jusqu'à la mer. Au-delà de Maillé, il transperçait alors les terres hautes des Douves où il était franchi par un pont, le pont des Douves (comme le montre encore la carte de la région par Claude Masse en 1720), puis il continuait son cours à travers les marais de Cibule et Damvix. Mais la difficulté à dessécher les marais en amont de Maillé était telle que dès 1666, la Société des marais de Vix-Maillezais a décidé de renoncer à ces territoires et, par la même occasion, à l'aqueduc de la Grande Bernegoue ou de Cibule, et à la portion du canal de Vix située en amont du pont des Douves, à Maillé. Depuis lors, le canal de Vix prend naissance au pied des terres hautes des Douves, à Maillé.