D'après les comptes de la fabrique en 1562, dépense est fait pour "ceux qui ont aydé à faire une fosse en l'église pour mettre les aornements et principaulx meubles de l'église, et pour faire relier un vaisseau à meptre lesdits ornements, aussi pour les relever".

Le linge liturgique est vendu comme bien national le 12 floréal an II (1er mai 1794) : 1 devant d'autel, 1 dessus d'autel, un tour de dais et son fond, 14 chasubles, 9 tuniques, 4 chapes, 1 chape noire, 16 étoles, 16 manipules, 4 voiles, plusieurs morceaux d'indienne, 8 amicts et une nappe d'autel, des petits linges, une bannière, 4 rideaux, plusieurs bourses et 10 corporaux.

Le mobilier qui subsiste représente en partie les grands moments de réaménagement et d'embellissement de l'église : début XVIe siècle avec la statue de sainte Barbe pour un autel, XVIIe siècle avec le nouvel autel majeur (financé par le curé Huau en 1639, détruit en 1832) et plusieurs statues en terre cuite, XIXe siècle avec les changements liés à l'agrandissement du choeur et notamment le nouvel autel majeur (1832). Le mécénat des seigneurs et propriétaires du château de la Flotte est sensible : écu sur l'autel-retable de saint Pierre, divers dons (reliques de saint Pierre et saint Julien rapportées de Rome en 1848) et financements (vitraux, linges, vases) au XIXe siècle.

En 1855, le curé fait part de son souhait d'acquérir le grand tableau d'une Descente de croix [aujourd'hui au chevet de l'église] pour 300 francs ; il en paie 200 francs, la fabrique demande 100 francs à la marquise de La Rochebousseau (propriétaire de la Flotte) sur le legs à l'église de Mlle Pitron dont elle avait déposition -ce qui est obtenu immédiatement.

En 1860, le conseil de fabrique ayant décidé qu’il était nécessaire de renouveler les vitraux de l’église, le curé convainc les paroissiens. Six verrières dont l'iconographie comme le maître-verrier restent inconnus sont réalisées, financées par la marquise de La Rochebousseau, les familles Loyau Grange et Belair Grange, l'abbé Durand, curé de Villebaron près de Blois, né à Lavenay, deux anonymes et une quête.

En 1860, le conseil de fabrique ayant décidé qu’il était nécessaire de renouveler les vitraux de l’église, le curé convainc les paroissiens. Six verrières sont réalisées, financées par la marquise de La Rochebousseau, les familles Loyau Grange et Belair Grange, l'abbé Durand, curé de Villebaron près de Blois, né à Lavenay, deux anonymes et une quête. Il ne subsiste cependant aucune de ces verrières du XIXe siècle. Les verrières actuelles sont posées par Miette en 1950.