Dimensions non prises.

La verrière de la baie d'axe était dédiée à la proclamation du dogme de l'Immaculée Conception. La mandorle centrale renfermait ainsi la Vierge immaculée représentée les mains jointes et écrasant de son pied le serpent du péché originel. Au dessus de sa tête, deux anges tenaient une couronne. Le compartiment supérieur renfermait un Christ bénissant et présentant le livre de la Loi. Le bas du vitrail était illustré de symboles virginaux, lys, épines, porte d'or et jardin fermé, auxquels s'ajoutait une scène montrant le pape Pie IX décrétant le dogme de l'Immaculée Conception. La bordure recevait les symboles des quatre évangélistes.

Le vitrail de la baie 201 figurait la naissance, la présentation au temple, l'éducation et le mariage de la Vierge enfermés dans des mandorles à quatre lobes.

Celui de la fenêtre 202 évoquait l'Annonciation, la Visitation, la naissance et l'éducation de Jésus de Nazareth également enfermées dans des mandorles quadrilobées.

La partie basse des trois verrières était ornée d'écus armoriaux.

Les vitraux des baies 203 et 204 étaient consacrés aux litanies de la Vierge : Sancta Dei Genitrix, Virgo proteus et Virgo clemens (baie 203), Consolatrix afflictonim, Auxilium Christianorum et Regina sine labe originali concepta (baie 204). Chaque titre était inscrit sur une banderole.

Armoiries composées de l'abbaye de Pontigny et du Mont Saint-Michel (sur le vitrail de l'actuelle baie d'axe) : d'azur au pont d'argent, surmonté d'un arbre portant un oiseau dans son nid au naturel, accosté de deux fleurs de lys d'or (Pontigny) et de sable à dix coquilles d'argent 4, 3, 2 et 1 ; au chef cousu d'azur, à trois fleurs de lys d'or (Mont Saint-Michel) ; un autre écu plus petit porte des armoiries non identifiées : de gueules chargé du monogramme de la Vierge au chef d'or chargé d'une étoile ; armoiries de Hugues des Azards, évêque de Toul de 1506 à 1517 (sur le vitrail de l'actuel baie 201) : d'azur à la croix d'argent cantonnée de quatre dés de même montrant l'as de sable ; sur la maquette, la devise de l'évêque est inscrite : MODERATA DURANT ; : armoiries de Jacques Davy du Perron (1556-1618), évêque d'Evreux, archevêque de Sens, puis Cardinal de Sainte-Agnes-hors-les-Murs (sur le vitrail de l'actuel baie 202) : d'azur au chevron d'or accompagnés de trois harpes du même, 2 en chef affrontées et 1 en pointe ; sur la maquette, les armoiries sont timbrées du chapeau rouge des cardinaux de chaque côté duquel pend un cordon à dix houppes (cordons des archevêques) ; elles sont accompagnées de la devise : GAUDET ORBIS HAC HARMONIA (il se réjouit de cette harmonie de la terre).

Les verrières actuelles incluent en partie basse trois écus armoriés qui figuraient sur les vitraux d'origine.