Il ne semble demeurer aucun vestige du prieuré Sainte-Marie-Madeleine qui s'élevait au sud du bourg de Daon ; celui-ci était une possession de l'abbaye de la Roë, tout comme les deux autres prieurés de Daon (prieuré-cure et prieuré de Bréon). C'était une simple chapelle assortie d'une closerie qui en assurait les revenus. Le premier prieur connu est un certain Simon Le Paneur cité en 1383. Au XVIe siècle, le prieuré "ou chapelle régulière de la Magdelaine" était en commende. Dans une déclaration de 1640, le chapelain de la Madeleine fait état de "ladite chapelle où est célébré le service divin, joignant d'un costé le grand cimetière dudit Daon, de l'autre côté joignant des appentis servant à l'habitation dudit chappelain avecq une courpartye enclose de muraille" ; on signale également un petit jardin attenant, une vigne, quelques terres, "plus ledit chappelain a droit de dixmes aux Vallées, aux Grandes Places, à l'Ecoublère, Courtillières, aux Rochers et Rabastelières, lesquelles reviennent quelques fois à six septiers de bled par an et quelques fois plus ou moins".

La chapelle "en ruine par vétusté" est interdite en 1699 et le service est transféré en 1702 sur ordonnance de l'évêque d'Angers en la chapelle de la Tremblaye construite quelques années auparavant par les paroissiens. Le prélat donne dans le même document l'autorisation "d'abattre le reste de la chapelle dudit prieuré et d'en employer le prix des matériaux en ornements pour la nouvelle chapelle et réparations sur le temporel". L'année suivante, une montrée est réalisée en vue des travaux. Le procès-verbal cite "les ruisnes d'une chapelle tombée en vétusté et en partie par l'orage de cette année ainsy que plusieurs des habitans luy ont raporté, dont parties sont encore prêt à crouller […] lesdits murs ouverts de touttes parts près desquels il est dangereux de s'aprocher, ladite chapelle ayant la longueur de 90 pieds 20 pieds de hault sellon que l'on en peut juger par le restant".

D'après ce même document, il semble que les matériaux de la chapelle en ruine aient été finalement remployés pour "une petitte chapelle bastie dans le grand simetière de ladite paroisse joignant lesdites ruisnes cy-dessus esnoncées qui sera plus utille que ce grand vaisseau". Le procès-verbal de réception des travaux rédigé en 1704 commente l'érection de cette chapelle de cimetière, "construite de murs à terre dans le grand cimetière dudit bourg de Daon, dont les jours peu cimetrizés sont de tuffeau qui sont ragréés, ladite chapelle au reste assés bien bâtie […] dont le couverture m'a paru bonne et selon les reigles". Il apparait donc que la chapelle date de 1703-1704, et non de 1788 comme l'avance l'abbé Angot. La closerie de la Madeleine, qui comprenait logement pour le fermer, grange, pressoir et four, fait également l'objet de plusieurs montrées au cours du XVIIIe siècle qui en précisent l'aspect. Les biens du prieuré sont saisis et vendus en 1790 et 1791. Les derniers vestiges de la chapelle du prieuré de la Madeleine demeureront visibles, selon la monographie de 1899, jusqu'au début du XIXe siècle.

A la levée du cadastre napoléonien en 1811, deux cimetières coexistaient toujours dans le bourg de Daon : le petit cimetière médiéval entourant l'église et le grand cimetière de la Madeleine à la sortie sud du village. Celui-ci est amputé vers 1835 lors des travaux de la route stratégique n°24 de Châteauneuf à Château-Gontier, puis agrandi en 1843 par l'achat d'une parcelle à Mme Goussé-Delalande. L'année suivante, un mur de clôture et un nouveau portail sont construits selon les plans de l'architecte Rolland, de Château-Gontier. Le portail est fourni par l'entrepreneur Frédéric Miette. Le milieu du XIXe siècle (?) voit également la restauration de la chapelle, comme en témoignent notamment les chaînages d'angles et les rampants taillés de la façade principale. C'est également à cette époque que l'ancienne closerie du prieuré est remplacée par de nouveaux bâtiments. Le cimetière sera de nouveau agrandi dans le courant du XXe siècle. La chapelle a été restaurée il y a quelques années, l'enduit couvrant a été supprimé.