Non loin au sud de Malabry, la présence d'un dolmen ou "pierre branlante" atteste du passage des hommes du Néolithique en ce lieu. Une motte féodale est également suspectée en surplomb de la Mayenne, sous un réaménagement en bosquet du XIXe siècle : il s'agirait de l'ancienne motte de Mirwault. Peu d'archives concernant l'histoire de Malabry ont été conservées. D'après l'abbé Angot, il s'agirait d'un ancien "fief, domaine et hébergement tenu à fournir un homme armé d'un arc à la porte d'Olivet de Château-Gontier", sans citer sa source. Au XVIIIe siècle, il semble qu'il s'agisse toujours d'une terre noble, mais les bâtiments sont utilisés comme métairie. L'architecture évoque celle d'une petite résidence seigneuriale, mais la rareté des sources invite à rester prudent sur l'appellation "manoir". Le lieu n'est pas signalé sur la carte de Jaillot de 1706 et celle de Cassini du milieu du XVIIIe siècle figure une simple ferme.

Seuls quelques documents épars nous renseignent sur les anciens propriétaires de Malabry. Un certain Macé Houdebine signalé au XVe siècle, René d'Héliand, élu de Château-Gontier, dans les premières décennies du XVIIe siècle. En 1701, le domaine appartient à Michel Meignan, lequel demeure en la ville d'Angers paroisse Saint-Maurille avec son épouse Marie-Thérèse Denis. Malabry est alors une simple métairie. En 1714, les religieuses du Buron d'Azé rachètent à Michel Meignan "la terre de Mallabry consistant en une maison de réserve, jardin, deux cours, le tout clos à murs, une métairie nommée Mallabry et la closerie d'Autheu, le tout sittué ditte parroisse de Longné". Malabry relevait semble-t-il du fief de Saint-Fort et, au moins pour partie, de la seigneurie de la Roche-de-Maine à Loigné.

C'est donc en tant que bien du clergé que la propriété est saisie comme bien national à la Révolution. Le fermier René Houbinne produit alors son bail conclu en 1787 pour l'exploitation du "lieu et métairie de Malabry […] consistant en 36 journaux 10 hommées de pré 8 quartiers de vignes". Le 24 mai 1791, le domaine est acheté par Claude Quinefault, receveur de l'enregistrement à Château-Gontier. Le cadastre napoléonien en 1833 figure l'intégralité des bâtiments, à l'exception du hangar. A cette date, Malabry appartient à Abel Quinefault, notaire à Château-Gontier, lequel possède également, en bord de Mayenne, la closerie de Chauduré où il fait édifier une maison de villégiature. En 1897, la propriété est mise en vente et adjugée à un certain Symphorien Simonet, ingénieur des Ponts-et-Chaussées à Château-Gontier, puis à son gendre l'architecte Alfred Latouche-Bourel. Ce dernier, également artiste-peintre, réalise plusieurs tableaux du manoir.

L'acte de 1897 précise que la ferme de Malabry comprend "un corps de bâtiments renfermant cuisine vers ouest, chambre, caveau, escalier, petit "donjon" vers est, petite chambre, cave, autre cave à la suite, appentis renfermant toit à moutons en deux compartiments, en retour d'équerre vers sud écurie ; grenier sur le tout sauf le toit et l'écurie. Un autre corps de bâtiments renfermant toits à porcs divisés en deux greniers dessus. Un autre corps de bâtiments renfermant quatre toits à porcs sans grenier, remise aussi sans grenier, avant-corps pour la machine, à la suite étable aux boeufs, fonds de grange, étable aux vaches, grenier sur le tout. Un autre corps de bâtiment renfermant four et fournil [...]. Puits, pâture, issues et aire".

Une campagne de dendrochronologie menée pendant l'étude d'inventaire a permis de donner une fourchette de datation pour le logis. Le solivage des planchers (chêne) du premier et du second étage a été daté des années 1516-1526 qui correspond à la phase de construction du bâtiment actuel. Au sein de ces planchers, l'insertion de poutres en châtaignier dans la partie est dans les années 1632-1642 témoigne d'une reprise importante qui correspond également sans doute au remaniement des ouvertures du logis. La charpente du pavillon de l'escalier a curieusement fourni la datation la plus ancienne (entre 1438 et 1464) mais il semble qu'il s'agisse de la remise en œuvre d'éléments plus anciens, provenant peut-être du manoir antérieur. La grange en retour du logis date sans doute du XVIe siècle ou du XVIIe siècle. Le four et le petit toit visibles dans la cour sont antérieurs à 1833. Le hangar ainsi qu'une autre dépendance sont ajoutés dans la 2e moitié du XIXe siècle.

L'utilisation comme ferme avait permis la conservation des volumes mais entraîné de nombreuses dénaturations au niveau des ouvertures. Une importante restauration est menée à bien par l'architecte des Bâtiments de France Jacques-Henri Bouflet dans les années 1990. Sur le logis, les pignons découverts sont restitués ainsi qu'une baie à meneau et traverse au rez-de-chaussée ; certains encadrements ou appuis de fenêtres sont refaits, des lucarnes en pierre sont créées en remplacement d'autres en bois du XVIIIe siècle, tandis que les cheminées sont restituées dans le goût médiéval. Les dépendances sont agrandies et transformées en parties habitables, l'ancienne grange accueille aujourd'hui un gîte.