La Cour de Cigné, sans doute ainsi renommée pour en souligner la noblesse et rehausser le prestige, était auparavant appelée fief Hamon, terme que l'on tenta (vainement) de bannir des écrits comme le souligne un acte de 1577. Le "franc-lieu, terre et seigneurie de Cigné, avec domaine, douves", était un manoir dépendant, dans la hiérarchie féodale, du château voisin de Torcé. Les premiers seigneurs connus, Fouquet de la Barre, et son épouse Jeanne de la Motte, résident au Horps selon un aveu rendu en 1472. Un document de 1666 fait toutefois référence à un autre aveu plus ancien (1429) rendu par un seigneur de Cigné où il était précisé que celui-ci "avoit plusieurs vassaux dont il étoit fort bien obéy et lesquels lui faisoient plusieurs corvées comme [...] à lever les douves de la maison, à servir les maçons qui travailloient pour le rétablissement de la maison et autres bastiments et qui mesme estoient obligés de mouldre leurs grains au moullin de Ballée (Beslay) lequel pour lors faisoit partye de la ditte terre de Cigné". L'abbé Albert Durand propose l'hypothèse que la seigneurie ait été démembrée de Torcé à la fin du XIIIe siècle. L'existence d'une motte, encore citée en 1734 entre le manoir et les Yvets, pourrait confirmer cette ancienneté, mais sa nature exacte et sa localisation précises sont très incertaines.

Au début du XVIe siècle, le manoir appartient à une branche de la famille de Logé qui y réside. Les de Logé se nomment seigneurs de la paroisse de Cigné jusqu'à la Révolution, bien que ce titre revienne en droit aux seigneurs de Torcé. Ainsi, en 1630, Louise Achard, dame de Torcé, obtient le retrait des tombeaux de la famille de Logé placés dans le chœur de l'église. A l'appui de quelques vestiges conservés, notamment les armoiries de Logé, "d'azur à trois quintefeuilles d'or", qui ornent le linteau d'une ancienne porte, une datation du XVIe siècle peut être retenue pour la reconstruction du manoir. Cette famille possède la Cour jusqu'en 1658, date de la vente à Julien des Rotours sieur de la Rocque, pour 8 000 livres ; le manoir est par la suite déclassé et devient une ferme jusqu'à une période récente. La généalogie des de Logé et la succession des propriétaires de la Cour ont été établies avec précision par l'abbé Angot, puis par l'abbé Durand dans ses travaux sur l'histoire de Cigné, en s'appuyant sur les pièces conservées dans le chartrier de Lassay. A la Révolution, la seigneurie appartient à Louis-René Gallery de la Tremblaye. Après son assassinat en 1800 à Ambrières, la domaine revient à la famille d'Héliand de l'Isle-du-Gast, laquelle vend en 1811, avec le moulin de Beslay, à Louis Dugué, receveur de l'enregistrement et résidant à la demeure voisine des Yvets. Il s'agit d'un ancêtre de la famille Pollet, qui donnera plusieurs maires à Cigné.

Un fossé en eau en forme de T, dessiné sur le plan cadastral napoléonien de 1837, vestige des anciennes douves du manoir, a aujourd'hui disparu mais reste fossilisé dans le parcellaire. Il semble correspondre à la limite nord d'un grand espace approximativement carré, qui s'étend à l'ouest jusqu'à la place de l'église et au sud et à l'est jusqu'à un chemin en terre. Le portail d'entrée se trouvait du côté du cimetière, c'est-à-dire l'actuelle place de l'église. Quelques documents des chartriers de Lassay et de l'Isle-du-Gast font allusion aux bâtiments du manoir de la Cour à la fin du XVIIe et au XVIIIe siècle. Il y est fait état d'un bâtiment "avec salle de maison par bas et grenier dessus, d'une grange et trois étables avec une chambre et un cabinet sur l'une desdites étables, et un pressurage et moulage à cidre, en un tenant sous différents fêtes [faîtes] ; en un autre corps de bâtiment composé d'une grande salle basse et d'une chambre et cabinet dessus, d'un four et trois loges […] ; en les étrages, un verger et trois jardins".

A l'exclusion de la grange construite dans le 3e quart du XIXe siècle, non figurée sur le cadastre napoléonien, on retrouve dans cette description sommaire l'organisation actuelle des bâtiments. Le premier corps de bâtiments en entrant dans la cour, de plan en L, a été largement remanié dans la 2e moitié du XIXe siècle comme l'indiquent le cadastre de 1837, les matrices cadastrales (augmentation et diminution de construction signalées en 1868) et la raideur des encadrements d'ouvertures. Il conserve néanmoins une porte armoriée, transformée en fenêtre, une porte surmontée d'une imposte et une autre cintrée : ces ouvertures, peut-être remployées pour certaines, sont attribuables au manoir du début du XVIe siècle, mais dont les volumes primitifs sont difficilement restituables. A la suite, le bâtiment des anciennes étables, converti en hangar, est conforme au cadastre ancien, de même que le dernier bâtiment, plus énigmatique quant à sa fonction. Un appendice semi-circulaire, sur le plan de 1837, confirme qu'il avait été transformé en four, mais la mention au XVIIIe siècle d'une "grande salle" semble indiquer que l'édifice a été amputé. L'état actuel ne permet toutefois pas de comprendre l'articulation des bâtiments entre eux à l'époque du manoir. Des travaux actuellement en cours achèvent de dénaturer cet ensemble (percement d'une grande baie et construction d'une maison en parpaings).