C'est en 1863 que La Bernerie-en-Retz, auparavant rattachée à la commune des Moutiers-en-Retz, devient une commune indépendante. Ce site est un petit port de pêche assez important en 1670, qui accueille une population de marins et de pêcheurs. La Baie de Bourgneuf est alors renommée pour le commerce, le cabotage et la pêche. Mais au cours du XVIIIe siècle, le site est envahi par les vases ; le port décline, malgré les échanges persistants avec les marais salants de Bouin et de Noirmoutier qui restent actifs jusqu'à la moitié du XIXe siècle. Sur le plan cadastral napoléonien, La Bernerie n'est qu'un territoire rural constitué de petits ensembles épars, dont deux quartiers proches de la mer, ceux des Carrés et de La Bernerie. Tous ces villages, qui dépendent des Moutiers, vont progressivement se développer et communiquer ensemble par des chemins aménagés au fil du temps. Louis Gautier nous rappelle que La Bernerie n'est, au début du XIXe siècle, qu'un "village compris entre la rue de Noirmoutier et la rue de la Port-chéneau et s'étend à peu près jusqu'à l'église". Une vingtaine de maisons réunies au début de l'actuelle rue du Maréchal Foch composent cet ensemble. On remarque encore aujourd'hui, dans la partie ancienne de La Bernerie-en-Retz, une division parcellaire en lanières étroites, héritée de pratiques agricoles anciennes, qui se lit dans l'étroitesse de certaines façades sur rue. A partir de 1840, l'ancien village de La Bernerie-en-Retz se dote d'une chapelle et d'une école et devient la succursale des Moutiers-en-Retz. La construction de la nouvelle église en 1862, son presbytère, son cimetière en 1868, un bureau de postes et de télégraphes, une halle au marché, puis une gare en 1875 sont des éléments constitutifs de la commune et qui assurent son activité à l'année.