Le creusement du canal de Pomère en 1839 entraîne une coupure dans les marais mouillés de L'Île-d'Elle, tant du point de vue des paysages que de la circulation des biens et des personnes. La nécessité de pouvoir aller d'une rive à l'autre pousse à la construction d'une passerelle mobile par-dessus le barrage construit en 1841 à la tête aval du canal, juste en amont de l'actuelle passerelle de Rouillebouc, 400 mètres en aval du pont actuel. Le barrage lui-même comprend deux travées séparées par une pile en pierre, celle de la rive gauche étant plus courte que celle de la rive droite, soutenue par des poteaux en bois. Sur la rive gauche du canal, une maison est établie à proximité immédiate du barrage, pour loger son gardien.

En 1870, décision est prise de remplacer la passerelle mobile par un pont carrossable, jeté sur le barrage qu'on aura surélevé au préalable. L'ingénieur ordinaire des Ponts et chaussées Maucher en dresse le projet le 5 novembre 1870. Le pont comprendra un tablier métallique, des voûtes en brique et une chaussée empierrée. Les travaux sont adjugés le 21 octobre 1871 à André Deschamps, entrepreneur à Marans, et ils sont achevés en 1873. Ils provoquent toutefois un affaissement du barrage et nécessitent des ajustements dès 1875. Ce pont-barrage est régulièrement dénoncé comme un obstacle à la navigation et à l'écoulement de l'eau, notamment les deux poteaux en bois de la travée de droite. Après qu'un bateau les ait heurtés, leur démolition est décidée en 1893, tandis que le tablier métallique du pont, trop lourd, est remplacé par un tablier en bois.

Au début du 20e siècle, ce pont s'avère insuffisant et surtout trop court, le canal devant être élargi. Le 3 octobre 1920, le conseil municipal examine et accepte la proposition du Syndicat des marais mouillés de la Vendée de construire un nouveau pont en amont de l'ancien pont-barrage, au droit du pont du Quaireau qui enjambe le Contrebot, avec création d'un chemin entre deux. Ce nouveau pont facilitera l'accès aux marais mouillés situés sur la rive gauche du canal de Pomère et aux fermes et maisons qui s'y trouvent. Le 13 juin 1921, le Bureau technique de l'Ouest, établi à Nantes, présente un projet de pont en béton armé de type Hennebique, à construire 400 mètres en amont de l'ancien pont-barrage. Il comprendra une voie charretière de 2,40 mètres de large, avec trottoirs et garde-corps en béton armé. Des ponts du même type seront aussi construits sur le canal évacuateur (route N137) et au pont de la Loge, à Marans (les ponts de Pomère et celui de la Loge, encore visible de nos jours, seront identiques).

Les travaux, adjugés à l'entreprise Coudrais et Robiou du Pont, et réalisés sous la surveillance de M. Jomier, ingénieur en chef des Ponts et chaussées, sont réceptionnés le 22 mai 1924. Il faut toutefois attendre 1926 pour que des rampes d'accès au pont soient construites, par Auguste Braud, entrepreneur à L'Île-d'Elle. Quant à l'ancien pont-barrage de 1841 en aval du nouveau pont, il est démoli en 1924 sauf une partie de son radier, puis totalement en 1926. Au fond du canal, ses fondations ne seront retirées que lors du curage de celui-ci, en 1958.

Remplaçant ce premier pont, le pont actuel a été construit en 1998.