La ferme du Grand Bot Neuf appartenait jusqu'à la Révolution à l'abbaye de Moreilles. Elle est probablement l'une des exploitations de marais créées par l'abbaye lors des premiers dessèchements de marais réalisés dans la région dès la fin du 12e siècle. En 1224, Hervé et Pierre de Velluire renoncent en faveur de l'abbaye de Moreilles à tout droit de propriété sur la grange de Bot Neuf. La "maison de Bouneuf", appartenant à l'abbaye, est ensuite mentionnée en 1527 dans un procès-verbal de visite des marais de Champagné, Puyravault et Sainte-Radégonde-des-Noyers. Le logis actuel présente deux baies avec décor mouluré en accolade, remontant probablement au 15e siècle ou au début du 16e (l'une d'elles semble toutefois avoir été reconstituée sur le modèle de l'autre ; toutes deux sont probablement au moins des remplois réutilisés dans une construction du 19e siècle). La date 1624 a été inscrite (sans doute par la suite) sur l'une d'entre elles. En 1642, lorsqu'elle cède ses marais à la Société du Petit-Poitou, l'abbaye de Moreilles se réserve plusieurs métairies dont celle du Bot Neuf. Le Bot Neuf apparaît sur la carte des marais du Petit-Poitou par Siette en 1648, puis sur la carte de la région par Claude Masse en 1701, et sur la carte de Cassini au milieu du 18e siècle.

La cabane du Grand Bot Neuf est saisie à la Révolution à l'encontre de l'abbaye de Moreilles. Elle est acquise aux enchères, le 9 avril 1791, par Marie-Madeleine Gendronneau, veuve Besnier, fermière à Chaillé-les-Marais, pour 16300 livres. La ferme comprend alors notamment le logis, composé de plusieurs chambres, et différentes dépendances (fournil, terrier, grange, jardin, aire à battre).

Le Grand Bot Neuf figure sur le plan cadastral de 1834, et appartient alors à Jean Guillon, cultivateur à la ferme de la Renardière. Le plan montre que la grange-étable située aujourd'hui auprès de la rue n'existe pas : elle aurait été construite peu après 1945. Le logis lui-même, désormais partagé en deux logements, a dû être reconstruit au 19e siècle, tout en réutilisant des éléments plus anciens (baies des 15e-16e siècles mentionnées ci-dessus). Son étage a été remanié au début du 20e siècle. Enfin, une grange qui se trouvait au sud-ouest du logis, mentionnée sur le plan cadastral de 1834, a disparu dans les années 1950 au moment du redressement de la route D25.