Un cimetière, dont on sait très peu de choses, devait bel et bien se trouver au pied de l'église Saint-Gilles de Pont-de-Gennes, à l'emplacement actuel du parvis : l'état de section du cadastre napoléonien de 1836 indique encore pour cette parcelle "le cimetière". S'agissait-il du cimetière paroissial primitif ou d'un cimetière prieural ? S'étendait-il également sur tout le pourtour de l'église ? Pour l'heure, ces questions n'ont pas de réponse. C'est à une date inconnue mais très précoce, qu'un cimetière est aménagé en périphérie du bourg, au carrefour de la route de Connerré et du chemin de Lombron. Les documents les plus anciens le citent à cet emplacement dès le début du XVIIe siècle, mais sans doute s'y trouvait-il avant. Il occupe alors une parcelle de forme triangulaire à l'extrémité de la patte d'oie.

A cette époque, le cimetière inclut une chapelle sous le vocable de Saint-André : est-ce la même déjà citée à la fin du XIe siècle lors de la fondation du prieuré de Pont-de-Gennes ? On la retrouve mentionnée par les archives à partir de la fin du XVIe siècle. Elle servait de grange lorsqu'elle fut vendue en 1793 : "un vieux bâtiment situé dans le cimetière du Pont-de-Gennes connu sous le nom de la chapelle Saint-André et dépendant de la fabrique de la ditte paroisse, servant actuellement de grange, construite en murs et charpentes, contenant 19 pieds de longueur sur 20 pieds et demi de largeur ayant son entrée sur la rue de La Ferté". L'adjudicataire était tenu d'attendre l'expiration du bail en cours, à la Toussaint 1794, pour démolir la chapelle. Ce ne sont donc pas ses matériaux qui, comme l'affirment certains ouvrages, ont permis la construction de la chapelle de l'hospice de Pont-de-Gennes en 1720 (en face du cimetière).

La croix de cimetière actuelle est quant à elle édifiée en 1868-1869 en pierre de Soulitré, sur les plans de l'architecte diocésain Nourry-Blottin, l'ancienne menaçant de tomber. Toutefois, le devis prévoit une réutilisation optimale des matériaux : on conserve et on restaure ainsi la partie supérieure avec son Christ en croix sculpté, dont la facture accuse le XVe siècle. En 1921, le conseil municipal conçoit un étonnant projet de monument aux morts de la Première guerre mondiale, consistant, par mesure d'économie, à englober la croix dans un obélisque. Dessiné par Paul Fonteix mais non réalisé, ce projet est sans doute recalé en préfecture pour inconvenance.

Au XVIIIe siècle déjà, si ce n'est plus tôt, la paroisse de Montfort-le-Rotrou s'était aménagée son propre cimetière accolé au cimetière Saint-André de Pont-de-Gennes, car elle ne disposait pas de terrains libres pour accueillir son propre lieu d'inhumation. La contiguïté des deux cimetières était l'objet de litiges. En 1749, dans les registres paroissiaux, on trouve la mention suivante : "Nous Gervais Gueretin, curé de Champagné soussigné, avons réconcilié le grand cimetière de Saint-André, commun entre les deux paroisses de Montfort et du Pont-de-Gennes, qui avait été profané par un labourage [...]. C'est par une entreprise du sieur Boussard, curé du Pont-de-Gennes qui, voulant priver Montfort du droit à ce cimetière, l'avait profané". Une grave accusation à l'encontre d'un curé qui souligne déjà la rivalité des deux paroisses.

Séparé par une simple haie vive et planté d'une croix, le cimetière de Montfort-le-Rotrou est finalement désaffecté en 1804 lorsque la commune se dote enfin d'un lieu d'inhumation sur son propre territoire. Le terrain qui lui était dévolu, aliéné en 1867, sera annexé au cimetière de Pont-de-Gennes suite à deux extensions successives en 1934 (architecte : Bourgoin ; entrepreneur : Henri Bontemps) puis en 1976. Le portail principal est restauré en 1978 suite à un accident de la circulation.