Les premières mentions de l'église de monsieur Saint-Just dans les textes apparaissent en 1552 mais sa construction est à l'évidence antérieure. Le mur nord et les deux baies orientales de ce mur, les pignons est et ouest percés par un portail couvert en arc brisé orné d'une accolade ponctuée de choux frisés suggèrent une construction (peut-être sur un volume plus ancien) dans la première moitié du XVIe siècle. La présence d'un coup de sabre et d'un contrefort sur le mur sud semble toutefois témoigner d'une reprise de ce pignon. Ce dernier pourrait avoir été ajouté pour contenir la charge et les poussés induites par la construction d'une tribune dans la nef au début du XVIIe siècle. Le percement de l'oculus est peut-être aussi à rapprocher de cette période.
Bien que « frairienne » la chapelle Saint-Just était sous le patronage et à la présentation du seigneur de Careil. À la fin du XVIIIe siècle, le chapelain était tenu d'y célébrer deux messes hebdomadaires. Ce dernier jouissait en retour du bénéfice de douze œillets de marais, de planches de terres plantées en vigne et d'une maison et jardin situés dans la ville de Guérande.
En 1594, un texte transcrit dans le registre des audiences de la sénéchaussée de Guérande fait état de la décision prise par les habitants de la frairie de Careil de faire construire relever et batir de neuff ladite chapelle monsieur Sainct Just. Il est notamment prévu de faire et eslargir le fons et emplacementz du bastiment de ladite chapelle de quatre ou cinq piedz ou aultrementz sur le mesme bastiment et telle largeur qu'elle est a présent. Jacques Hachet, notaire royal de Guérande, est mandé par l'assemblée frairienne pour passer marché avec les maçons et charpentiers et acheter les matériaux nécessaires à la reconstruction ; les habitants de la frairie prenant en charge leur transport et le financement.
Cette décision ne semble pas avoir été suivie d'effet puisque les observations archéologiques et les analyses dendrochronologiques menées en 2009 sur la charpente ont mis en évidence une phase d'abattage, pour l'ensemble des pièces principales de la charpente de couvrement, au cours de l'année 1585. La qualité des assemblages notamment entre entraits et arbalétriers et la présence de marques de charpente conforte l'idée que cette phase d'abattage correspond bien à la mise en place de la charpente. Il devait par ailleurs s'agir dès cette époque d'une charpente lambrissée. Des mortaises vides sur les arbalétriers et entraits montrent cependant que les jambettes ont été supprimées à une période indéterminée.
Deux chevrons, prélevés entre le pignon ouest et la ferme n° 1, indiquent une phase d'abattage entre 1528 et 1553. Il s'agit manifestement de pièces (arbalétriers ?) ayant été sciées longitudinalement et remployées comme chevrons situés dans les trois premières travées de l'église.