Le bourg de Maillé s'est développé à partir du Moyen Âge, vers l'an Mil, autour d'une part du prieuré Saint-Nicolas et du quartier du même nom, dépendance de l'abbaye de Maillezais, d'autre part de l'église paroissiale, et en fin de l'axe formé par celle-ci et le port, à l'ouest. Des maisons à Maillé et sur le port de Maillé sont mentionnées en 1240 et 1250. La carte de la région par Claude Masse en 1720 montre le bourg regroupé de part et d'autre de l'axe entre l'église et le port, à l'extrémité ouest de la presqu'île. Du côté des terres, le bourg était relié à Maillezais par l'actuelle rue Saint-Pient, tandis qu'un autre chemin, passant par Saint-Nicolas et Bougraine, rejoignait la Grande levée de Vix à la Fontaine rouillée, la digue servant alors de voie de communication privilégiée à travers les marais, vers Vix et Maillezais. Cette configuration n'évolue guère au XVIIIe siècle, et on la retrouve sur le plan cadastral de 1835. Le quartier de Saint-Nicolas s'est alors étoffé, en bordure immédiate de la Jeune Autise.

Jusqu'à l'aménagement du port dans la seconde moitié du XIXe siècle, le bourg, bien que construit sur les terres hautes, semble particulièrement vulnérable aux inondations, l'altitude de l'ancienne presqu'île étant ici peu élevée. Comme en témoigne le curé Joseph Herbert à la fin de son registre paroissial de cette année-là, les crues de janvier-février 1769 sont particulièrement marquantes, l'eau arrivant jusqu'aux murs du cimetière qui entoure alors l'église ! Le 4 août 1822, le conseil municipal décide de faire empierrer les rues du bourg en ayant recours aux habitants, par le système de corvée, car "de plus en plus elles deviennent intransitables [sic] l'hiver quand les crues d'eau les couvrent, des bateaux de vingt pieds naviguent d'un bout à l'autre du bourg, et il est impossible de pouvoir passer sans bateaux". Toujours pour mieux se prémunir des inondations, le conseil municipal du 13 mai 1824 ordonne cette fois le curage de la route d'eau qui borde le bourg au sud. Les terres excavées serviront à surélever les terrains ou mottes alentour.

L'aménagement du port à partir des années 1850 et le creusement de canaux comme la rigole de Bourneau, en facilitant l'évacuation de l'eau, améliore la protection des parties les plus basses du bourg. La modernisation du port renforce aussi son attractivité, tandis qu'à la même époque, la création de la route départementale de Vix à Lesson, via le Pont de la Route, Saint-Nicolas et la rue Saint-Pient, déporte une partie de l'activité du bourg vers le nord-est. Le conseil municipal a d'ailleurs exigé en 1851 que la nouvelle route puisse passer par le grand port, en vain. Dès lors, c'est le long de la nouvelle voie que sont implantés dans la seconde moitié du XIXe siècle la mairie-école, l'école privée et le cimetière, transféré en 1863 depuis la place de l'église. C'est aussi le long de la rue Saint-Pient que se multiplient les maisons et les fermes à la fin du XIXe siècle et au début du XXe, de même que, près de là, dans la partie est de la rue des Loges, désormais urbanisée au-delà de la rue et du port de la Mare. Le même secteur oriental du bourg est de nouveau privilégié lors de l'urbanisation de la fin du XXe siècle et du début du XXIe, avec la construction de pavillons et la création de lotissements.