De l'Ancien Régime, l'église pourrait avoir conservé le retable de la chapelle latérale sud et, en partie, celui de la chapelle latérale nord. L'élément en bois peint placé au-dessus du retable de la chapelle sud, pourrait être un vestige d'un retable plus ancien (fin du 17e siècle ?).

A la Révolution, l'église est dévastée, son mobilier détruit. En 1823, le curé écrit à l'évêque pour lui expliquer que l'église "est dans un état extrême de pauvreté", elle n'a point de fonts baptismaux, le retable et l'autel ont besoin d'être refaits et réparés, on ne dispose que d'un ciboire et un ostensoir en cuivre. Le mobilier de l'église est peu à peu reconstitué dans la première moitié du 19e siècle. Etabli le 26 novembre 1826, un inventaire des biens meubles et immeubles de l'église de Benet fait apparaître, notamment, les éléments suivants : "Un calice à coupe d’argent avec sa patène, dorés au-dedans ; un ostensoir très mesquin, en cuivre argenté, l'anneau en argent et le croissant en argent doré ; un ciboire tout d’argent doré ; un ciboire en cuivre argenté et doré en dedans (interdit) ; une custode d’argent dont le pied d’argent sert de boîte aux saintes huiles pour les malades ; un plat d'étain surmonté de deux vases aux saintes huiles pour les baptêmes ; trois pierres d'autel, l'une en marbre et les deux autres en ardoise, sacrées par Mgr l'évêque de Luçon ; différents ornements de différentes couleurs, linges, habits de chantre et d'enfants de chœur, livres, meubles de sacristie, des chandeliers ; deux statues en plâtre, l'une de la sainte Vierge et l’autre de saint Joseph, avec leur voile", etc.

Parmi les travaux réalisés en cette première moitié du 19e siècle, on remarque en 1827 une restauration complète du retable qui ornait le choeur, en arrière du maître-autel, opération réalisée par M. Fillonneau, peintre décorateur à Benet, pour 400 francs. On apprend à cette occasion que ce retable comprenait un fronton, des chapiteaux, une corniche, trois tableaux (dont un grand tableau central) représentant la Vierge, la foi et l'espérance, quatre colonnes surmontées de statues d'anges adorateurs, ainsi qu'un baldaquin sommital, sous lequel était peint Dieu le Père entouré d'anges et de nuages, avec des rideaux retombants de chaque côté.

En janvier 1850, des réparations d'importance sont décidées sur les trois autels. Le mobilier s'étoffe surtout à partir des années 1860, alors que d'importants travaux sont réalisés dans l'église. Chargé de ces travaux, l'architecte Jules Mandin s'intéresse d'ailleurs aussi au mobilier de l'église, par exemple aux bancs pour lesquels il présente un projet le 15 mars 1861. En avril 1890, le conseil de fabrique entérine un achat en nombre d'ornements auprès de M. Lemoine, fabricant à Nantes. Suivent dans les années 1890-1900 l'acquisition de la verrière de la baie d'axe du choeur, de la chaire à prêcher ou encore de la grande porte occidentale et du chemin de croix, dans un contexte tendu entre la municipalité et la fabrique paroissiale. Plusieurs bienfaiteurs de la paroisse (familles Saint-Martin, Fradin, Bureau et Giraud notamment) sont à l'origine d'un certain nombre de ces acquisitions.

En 1941-1942, on projette de refaire la totalité des vitraux de l'église et d'en confier la conception à Louis Mazetier, peintre verrier aux Herbiers, mais le projet reste sans suite en raison du contexte de guerre et de l'exil de l'artiste. Le maître-autel au fond du choeur a été supprimé dans le cadre des nouvelles dispositions de Vatican II, et remplacé par le nouveau maître-autel, provenant de la chapelle de Lesson.