Un mauvais remontage après la Révolution explique la confusion des scènes sur les deux verrières de Saint-Julien et de Saint-Aubin, qui doivent surtout leur état actuel à une restauration effectuée par Armand Réby en 1868.

Dans la verrière de saint Julien, en 1858, Bizeul et Parenteau voyaient six scènes "fort belles dans leurs détails", mais malheureusement disposées dans le désordre par suite du souci "de remplir les vides par des verres de toutes couleurs" plus que de "reconstituer les divers petits panneaux représentant les scènes de la légende". Bizeul suggéra de reprendre l'ordre des scènes et de combler la lacunes par des verres blancs de préférence aux "ignares adjonctions" qui ont été faites. En 1955, la verrière de saint Julien est la dernière à être restaurée, avant l'installation de l'orgue de chœur.

La verrière de saint Aubin a été beaucoup plus perturbée lors de la restauration de 1868. Sur décision de la fabrique, Armand Réby remplaça une figure de la Vierge, qui se trouvait au milieu de la verrière, par celle de saint Aubin dans une gloire, et une Descente de croix, par les scènes de la vie du saint, complétées par de la grisaille : saint Aubin au Concile d'Orléans et le miracle de Guérande. La publication des légendes de la verrière par J. Desmars en 1869 permet de noter qu'effectivement le tableau du concile d'Orléans n'apparaît pas, alors qu'il est cité par Henri Quilgars en 1913. La dédicace des donateurs ne figure chez aucun des deux. Par contre, le siège des normands présente toujours la même légende, y compris aujourd'hui, tout comme la guérison de la possédée ainsi que la translation de la châsse. Quant aux autres tableaux, si l'on se fie à ces auteurs, on pouvait anciennement lire Etberte au lieu de Ethérie, ressussite pour ressuscite, Malabodd puis Malabodde au lieu de Malabothe. Henri Quilgars conclut que les quatre tableaux supérieurs sont anciens, que l'image centrale du saint est presque entièrement moderne et que les trois derniers tableaux formant le bas de la verrière sont modernes.