Le site de la Bonde des Jourdain a été, depuis l'Antiquité et jusqu'au début du 20e siècle, un point de passage privilégié d'une rive à l'autre de la Sèvre Niortaise. Une voie romaine, appelée "chemin de Charlemagne", passait à proximité, à l'ouest ; les vestiges (moellons épars) en sont visibles dans les champs, d'autres (grosses pierres de taille posées sur un lit de madriers en bois) ont été mis au jour lors de prospections ou de travaux agricoles. Dans les années 1950-1960, des pieux en bois ont été retirés du lit de la Sèvre Niortaise, au sud-ouest de la Bonde des Jourdain, à l'occasion de travaux de curage du fleuve. Un morceau de pieu, non datable (Moyen Âge ?), a également été relevé dans le canal de Vix, à quelques dizaines de mètres à l'ouest des ponts actuels, lors de travaux d'entretien réalisés en février 2019.

Vraisemblablement abandonné au début du Moyen Âge, cet itinéraire a été remplacé par un passage, plus ou moins aisé, à travers les marais. A partir du 17e siècle et de la construction des digues de part et d'autre de la Sèvre Niortaise, ce passage s'est effectué d'une digue à l'autre, entre la Bonde des Jourdain, à Vix, rive droite, et la Marnérie, à Saint-Jean-de-Liversay, rive gauche. La gestion du passage, tout comme la surveillance de la vanne ou bonde à laquelle elle a donné son nom, était confiée à partir du début du 18e siècle au moins à la famille Jourdain, dont le premier membre connu est Jean Jourdain (1660-1743), pêcheur, marié à Françoise Mimaud (1671-1749). Au début du 19e siècle, un de leurs descendants, Louis Jourdain (1774-1818), marié à Marie Bouet puis à Marie-Anne Morin, et qui demeure dans la petite hutte sur la Grande levée, est pêcheur mais aussi passagier de la Bonde, c'est-à-dire gérant du passage.

Ce passage, qui n'est plus utilisé que par les riverains et habitants des environs, est repris en mains en 1823 par l'Etat qui en fixe les tarifs à acquitter pour pouvoir l'emprunter, et en afferme la gestion. Les membres de la famille Jourdain et alliés continuent à se succéder dans cette mission désormais plus officielle. En 1830, le passagier s'engage à construire un nouveau bac et à l'entretenir à ses frais, à condition qu'aucun loyer ne lui soit demandé et que toutes les recettes du passage lui soient versées pendant quinze ans. Au milieu du 19e siècle encore, le passage de la Bonde des Jourdain est très utilisé par ceux qui veulent aller d'une rive à l'autre de la Sèvre Niortaise, au point qu'en 1852, lorsque la Société des marais de Taugon envisage de placer des barrières sur sa digue de Thairé-le-Fagnoux, là où débouche le passage, les habitants de plusieurs communes du Bocage vendéen, utilisant le passage pour aller vendre leurs bestiaux en Charente-Inférieure, protestent par voie de pétition auprès du maire de Saint-Jean-de-Liversay. Un nouveau tarif de passage est adopté par arrêté ministériel le 24 décembre 1853.

A la fin du 19e siècle, alors que les communications par voie terrestre entre la Vendée et la Charente-Inférieure s'améliorent avec la construction du pont du Sablon, entre Maillé et Taugon, et que, côté Saint-Jean-de-Liversay, les fermes et hameaux auxquels le bac aboutit son difficilement reliés par voie de terre, le passage de la Bonde des Jourdain est de moins en moins fréquenté. En 1888, il est toutefois de nouveau affermé à Auguste Bourgoin, demeurant sur place, mais lors du renouvellement du bail en 1900, aucun candidat ne se présente. Le bac est confié de 1907 à 1912 à Eugène Bourgoin, dernier gérant du passage dont la suppression est finalement décidée en 1913.