Une petite habitation apparaît à cet endroit sur la carte de la Sèvre Niortaise par Mesnager en 1818, puis sur le plan cadastral de 1834. Déjà appelée le Gros Aubier, elle prend place alors au milieu de nombreuses petites parcelles entourées de fossés et exploitées en bois ou en prés. Elle se situe aussi à proximité d'un réseau de cours d'eau plus important que les autres, formant une route d'eau qui relie le Contrebot de Vix, au niveau de Touvent, au nord-est du Gros Aubier, à la Vieille Sèvre Niortaise, au sud-ouest. Cette ancienne route d'eau existe encore en partie de nos jours au nord de la maison actuelle.

En 1834, le Gros Aubier appartient à Jean Vigneron père, cultivateur et pêcheur, époux de Marie Suire. Exemple de ferme qui s'est développée au 19e siècle à la faveur de l'aménagement des marais mouillés et, en l'occurrence, du creusement du canal de Pomère, le Gros Aubier est reconstruit en 1870, selon le cadastre, pour Jean Vigneron, cultivateur, et Marie Hurtaud son épouse. Elle prend alors probablement pour l'essentiel son aspect actuel. La verrière à l'avant et les bâtiments à l'arrière du logis sont plus récents (2e moitié 20e siècle).