La cabane ou ferme de la Prée Mizotière s'est développée sur des marais appartenant au seigneur de Marans. L'endroit, par encore desséché, apparaît en 1648 sur la carte des marais du Petit-Poitou par Siette, sous le nom de "Prée de Marans". La situation n'a guère évolué sur la carte de la région par Claude Masse, en 1701 : la future Prée Mizotière est encore en avant de la digue du Vieux desséché de Champagné, et seuls figurent sur la carte, en bord de Sèvre, des enclos destinés à entreposer la récolte de mizotte et à la protéger contre l'inondation.

Le 20 décembre 1775, le marquis d'Aligre, seigneur de Marans, obtient du siège royal de Fontenay-le-Comte des exemptions et privilèges pour dessécher sa propriété à l'aide d'une digue prolongeant la nouvelle digue du Nouveau desséché de Champagné, le long de la Sèvre. La cabane de la Prée Mizotière (dont le nom rappelle l'ancienne exploitation de cet espace avant son dessèchement) est alors créée, protégée par la digue du même nom. Ses bâtiments, digues et fossés font l'objet d'une visite en septembre 1789, qui précise que ces marais ont été "nouvellement desséchés", à l'exception de ce qui se trouve "hors le dessèchement et laissé en lisière pour servir au débordement de la rivière et nécessaire à l'intégrité et sûreté dudit dessèchement". La cabane est alors exploitée par Louis Gouraud, cabanier à la ferme de Montaigu, à Marans, époux de Catherine Vincent. Il vient de succéder à Clément Texier, époux de Marie-Anne Bourdeau, fermier à La Ronde. Les bâtiments comprennent une chambre basse, une seconde servant de fournil, une grange, une bergerie et un grenier dans leur prolongement. Les fossés, pourtant récents, sont déjà en mauvais état, en grande partie comblés.

Saisie comme bien national à la Révolution à l'encontre de la famille d'Aligre, la cabane de la Prée Mizotière est estimée et décrite en 1793. Toujours exploitée par Louis Gouraud, elle comprend quelques bâtiments et 730 journaux de terre, le tout estimé à 19200 livres. La ferme de "la Prée" apparaît bien en revanche sur le plan cadastral de 1834, avec deux ensembles de bâtiments parallèles, entourés de fossés.

La cabane appartient alors au marquis d'Aligre, héritier des anciens seigneurs de Marans. Par ailleurs propriétaire de vastes marais desséchés à Marans, le marquis d'Aligre, puis son successeur le marquis de Pomereu, demeurant à Paris, les confient à des gérants locaux. En 1906, le marquis de Pomereu attribue ainsi la gestion de ses marais à Sainte-Radégonde-des-Noyes à Joseph Bichet, 39 ans, ancien militaire, demeurant à Marans. Le logis actuel remonte probablement aux années 1870-1880 : son architecture et le cartouche qui porte son nom sont identiques à ceux d'autres cabanes appartenant alors au marquis de Pomereu, à Marans, et reconstruites à cette époque.

Propriétaire des lieux dès 2004, à la suite de la tempête de 1999, le Conservatoire du littoral confie l'exploitation agricole de la ferme à un éleveur, exerçant une activité de polyculture-élevage. L'ancien logis est investi par les services de la Réserve naturelle nationale de la baie de l'Aiguillon. En première ligne face aux inondations, la Prée Mizotière est envahie par les eaux lors de la tempête Xynthia, en février 2010. Dans le cadre du programme "LIFE Baie de l'Aiguillon", le choix est fait de ne pas relever totalement la digue le long de la Sèvre : une partie de l'exploitation, au sud-est (sur 10 hectares), est dépoldérisée de manière à créer, sur les terres de la Prée Mizotière, une zone à vocation environnementale. A l'occasion des emprunts de terre réalisés pour la reconstruction de la digue de la Prée Mizotière et de la digue seconde (ancienne digue du Vieux marais de Champagné), on recrée des baisses ou dépressions humides sur une quinzaine d'hectares, pour ainsi rétablir des prairies subsaumâtres et des milieux maritimes.