L'existence d'un prieuré-cure à Saint-Germain-de-l'Hommel est attestée, d'après l'abbé Angot, dès le XIIIe siècle. L'auteur en fournit la liste des titulaires depuis le XVe siècle. Il subsiste vraisemblablement des bâtiments de la fin du Moyen-Age la grange, remaniée à plusieurs reprises par la suite. Le logis figure, dans son état actuel, sur le plan cadastral napoléonien de 1833. L'édifice est reconstruit en 1751 comme en atteste la date inscrite au-dessus de la porte principale. Le commanditaire est le prieur-curé Jean-Baptiste Beauné (1708-1764), qui aurait signé son œuvre de l'inscription Pulcher (beau en latin).

En 1767, un accord est prononcé sur la réception "des réfections et réparations faittes sur le presbitaire et dépendances, cœur et cancel de ladite parroisse de Saint-Germain-de-l'Hommel" entre les héritiers du curé Beauné et son successeur Simon Le Balleur. La montrée réalisée à cette occasion précise que "laditte maison presbytéralle [est] composée d'une salle, une cuisine à l'opposé, un vestibulle au millieu où est l'escallier, un office au-derrière, deux chambres à cheminée l'une sur la salle l'autre sur la cuisine, un cabinet sur l'office, deux greniers sur lesdites chambres, un cabinet sur celluy cy-dessus, construite de murs à mortier de chaux et sable, une charpente en croupe aux couvertures d'ardoise de 46 pieds de long sur 23 et demy de large hors œuvre, lequel bastiment nous a paru construit à neuf depuis 15 à 16 ans". Après avoir détaillé l'état général de la maison, la visite se poursuit dans les dépendances, écurie, grange, cellier, étable, toits à porcs, four à pain, latrines, le tout couvert d'ardoises, de genêts et de bardeaux. On énumère également le puits "dont la margelle a été récemment rétablie", le portail "dont les jambages ont été refaits de maçonnerie depuis 15 ans" et le jardin clos de murs et de haies.

A la Révolution, le prieuré est dissous et le domaine de la cure, "composé de trois journaux de terre, une hommée de pré", est vendu. Le curé Michel Danguy, dénoncé par 22 citoyens de Fromentières pour son refus de serment et "sa conduite incivique" est déporté en Angleterre en 1792 et ne réintègre son presbytère qu'en 1800. Quelques aménagements sont réalisés dans le courant du XIXe siècle (remaniement d'ouvertures au rez-de-chaussée de la façade postérieure, lucarne en pierre de taille, scindement d'une chambre à l'étage notamment), mais la demeure conserve son cachet du XVIIIe siècle. En 1907, dans le cadre de la mise en location de l'ancien presbytère, l'expert-géomètre Louis Saillant dresse un état des lieux très précis de la demeure : il y signale notamment le cabinet de toilette au premier étage et une petite chambre dans le comble, aménagés au XIXe siècle.

Vendu par la commune, l'ancien presbytère est aujourd'hui propriété privée. Une petite extension en rez-de-chaussée est accolée dans les années 2000.