De proportion et d'emplacement identiques à l'édifice représenté sur le cadastre ancien, le presbytère de Brétignolles-le-Moulin a été construit sous l'Ancien Régime. Sa position sur une plateforme entourée de douves, qui comprenait également l'église, est clairement visible sur ce plan et matérialise le lien entre la maison presbytérale, qui pouvait à l'origine ne faire qu'une avec celle du prieuré-cure et le lieu de culte.

Quelques éléments encore visibles pourraient dater du premier âge moderne : la cheminée de la cuisine, pièce orientale du rez-de-chaussée, est composée de piédroits en forme de colonnettes, surmontés d'un chapiteau orné de denticules, sur lequel reposent des corbeaux à deux encorbellements. Bien que le linteau soit dissimulé, ces formes plaident pour une datation du XVe ou du XVIe siècle. D'épaisses traces de ciment sont par endroit visibles, laissant supposer qu'il s'agit d'un remploi ultérieur. La baie centrale du rez-de-chaussée de la façade nord, ayant la proportion d'une demi-croisée et étant fortement chanfreinée, pourrait dater de la même époque que la cuisine. La charpente pourrait également comporter des bois anciens.

Le presbytère de Brétignolles-le-Moulin a néanmoins été en grande partie reconstruit dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, comme l'indique une datée portée sur l'ancien linteau de porte, dont la seconde partie est devenue illisible. Démonté, ce linteau est actuellement conservé dans le jardin de la maison. Cette datation est confortée par les linteaux de fenêtres à arc segmentaire de la façade nord et du premier étage de la façade sud, caractéristiques de cette période.

Des travaux sont documentés en 1875, sans que leur nature ne soit précisée.

Une rénovation de la 2e moitié du XXe siècle a remplacé le linteau de porte ainsi que celui de la fenêtre occidentale du rez-de-chaussée.