Dès le haut Moyen Age (IVe siècle ?), une église ou chapelle avec son cimetière existent en cette partie inférieure de l'actuelle place du Ralliement. Un chapiteau retrouvé lors des fouilles de 1867-1868, atteste une construction mérovingienne (VIIe siècle ?). Une pièce voûtée en plein-cintre, cave ou citerne, de très basse époque gallo-romaine, est aménagée en une crypte dédiée à saint René au Xe siècle ou au plus tard dans la 1ère moitié du siècle suivant. C'est au XIe siècle que l'église Saint-Pierre, qui devient peut être alors collégiale, fait l'objet d'une reconstruction générale. Une seconde crypte, dédiée à saint Aubin, est édifiée à la fin du XIIe siècle. Une consécration de la collégiale doublée d'une élévation des reliques de saint Gohard en 1211 par l'évêque Guillaume de Beaumont laisse à penser que l'église a dû bénéficier d'importants travaux de remaniement sinon de reconstruction, au-delà de la seule crypte de saint Aubin. Une chapelle consacrée à saint Luc, plus tard à sainte Anne, est construite sur le flanc sud vers 1380 pour Luc Lefebvre, secrétaire du duc d'Anjou : elle devient le lieu ordinaire des réunions du recteur et de l'université, conférant plus globalement à la collégiale le rôle d'église de l'université. L'église fait de nouveau l'objet d'une large reconstruction dans le courant du XVe siècle, des clefs de voûte du chœur portant les armes des derniers princes d'Anjou et de Jean de Beauvau, évêque d'Angers de 1447 à 1467 puis en 1478-1479 : ces travaux concernent plus particulièrement le chœur totalement rebâti et doté d'une nouvelle crypte Saint-Aubin reliée à la précédente par un couloir. Mais la nef et l'église paroissiale, sur le flanc nord de la collégiale, semblent aussi grandement reprises. Une galerie de cloître est réédifiée en 1490 par l'architecte Mathurin Gaultier. Puis la salle du chapitre est reconstruite en 1511 par les architectes Mathurin Georges et Pierre Roille. Une chapelle est bâtie à l'angle du flanc nord de la collégiale et du pignon ouest de l'église paroissiale dans la 2e moitié du XVIe siècle ou dans la 1ère moitié du XVIIe siècle. En 1706, le chœur est réaménagé à la romaine sous la direction de l'architecte Jean II Lecomte. Le chœur de l'église paroissiale est allongé vers 1722. L'édifice, avec tous ses lieux communs, est rasé à la Révolution, le terrain ainsi dégagé formant l'angle sud-ouest de la nouvelle place du Ralliement. Les voûtes de la crypte Saint-Aubin sont détruites seulement en 1816 lors de travaux d'aplanissement et la crypte Saint-René disparaît aussitôt que redécouverte dans les nouvelles opérations de nivellement de la place en 1868.