Le port de Thouaré apparaît dès son origine, au Moyen Âge, comme un port d'échouage constitué d'une plage de sable, sans aménagements dédiés à la fonction portuaire du lieu. Un aveu de 1493 indique que la seigneurie de Thouaré détenait un droit sur le passage de la Chébuette, port situé sur la commune de Saint-Julien-de-Concelles en rive gauche. Il est fort probable que ce passage d'eau se faisait en rive droite depuis le lieu-dit "Le Port".

Au XVIIIe siècle, des cartes d'arpentage de la Loire en amont de Nantes indiquent clairement que le port de Thouaré borde le bras principal du fleuve et le chenal de navigation. Un procès-verbal du balisage de la Loire datant de 1767 précise qu'en "montant la rivière et côtoyant la partie nord de la prée de Mauves jusqu'au bourg et paroisse de Thouaré où se trouve le chenal de cette rivière, il n'y a rien sur le chantier qui puisse empêcher le passage des bateaux, que de l'autre côté au sud de la rivière en partie comblée de sable".

Au milieu du siècle suivant, le Syndicat de la Prairie de Mauves expose au Préfet de la Loire-Inférieure que les digues submersibles exécutées au droit du bourg de Thouaré, dans le but d'améliorer la navigation et de fixer le chenal vers la rive gauche, ont eu pour conséquence d'ensabler le port de Thouaré.

En 1865, le conseil municipal de Thouaré demande la construction d'une cale à tablier sur la rive droite de la Loire vis-à-vis du bourg et au droit du chemin qui conduit de ce bourg à la rive du fleuve. Cette demande est appuyée par une délibération de la commune de Saint-Mars-du-Désert, située à une dizaine de kilomètres au nord-ouest de Thouaré-sur-Loire. Pour les besoins de l'agriculture, les habitants de cette commune viennent prendre au port de Thouaré la chaux acheminée sur la Loire. Bien qu'à cette époque le trafic du port de Thouaré rayonne encore sur les communes environnantes, les Ponts et Chaussées refuse d'apporter son soutien à ce projet d'aménagement portuaire. L'Administration juge que le site envisagé serait très rapidement d'un accès difficile par l'existence des digues qui barrent l'ancien bras de Loire situé entre le rive droite et l'île de Monty (anciennement appelée île Furet ou de la Picauderie).

L'ouverture de la gare de Thouaré le 21 août 1851 par la Compagnie du chemin de fer de Tours à Nantes, puis la construction en 1882 des ponts sur la Loire, mirent progressivement fin au trafic portuaire entre les deux rives. A la fin du XIXe siècle, le port de Thouaré est complétement ensablé.