Durant l’Ancien Régime le port de Basse-Indre est plusieurs fois cité comme port de pêche. En 1688, les pêcheurs de Basse-Indre, associés à ceux du port voisin de Haute-Indre, revendiquent auprès du domaine ducal le droit de pêcher en Loire pendant tous les mois de l’année. Au tournant des XVIIIe et XIXe siècles, le déclin du port de Couëron, pour cause d’ensablement, entraîne une hausse du trafic autour du port de Basse-Indre. Comme de nombreux autres ports de la Basse-Loire, celui de la Basse-Indre n’est alors formé qu’exclusivement par le rivage naturel de la Loire. Plusieurs chaussées empierrées et perpendiculaires à la rive servent de débarcadères.

A partir de 1844, le port du chef-lieu de la commune connaît une série de travaux visant à améliorer les conditions d’accès, d’accostage et de mise en sécurité des navires en avant du bourg à l’aide des produits de dragages en Loire. En 1854, les Ponts et Chaussées exécutent sur le rivage du bourg de Basse-Indre un quai équipé d’une cale en tablier. Le quai est remblayé au niveau des crues les plus élevées et donc bien plus haut que la plage submersible faisant office jusque-là de port d’échouage. Les travaux d’exhaussement et de terrassement du nouveau quai eurent pour conséquence d’enfouir plusieurs maisons construites sur la rive de presque un mètre en-dessous du niveau de la chaussée. Plusieurs habitants demandèrent alors des indemnités afin de surélever leur maison. Aussi, l’alignement des constructions particulières bordant le nouveau quai du port de Basse-Indre laisse en avant de larges espaces à concéder aux riverains. La même année, une seconde gare d’échouage est exécutée en amont de la cale. Avec ses 90 m de longueur, elle est destinée à mettre à l’abri les grands navires de la localité ne pouvant être tirés à terre lors des glaces en Loire.

En 1864, plusieurs habitants rédigent une pétition pour alerter sur l’envasement du chenal nord de la Loire, riverain du territoire communal et du port de Basse-Indre. Ils alertent sur les conséquences de cet envasement et l’activité du site industriel des Forges de Basse-Indre situé en aval du port et sur lequel repose « l’existence matérielle de la population entière ». Il apparaît en effet impossible pour les embarcations les plus légères de parvenir au quai de l’usine et les habitants constatent plus largement « l’absence presque complète de navires au quai de Basse-Indre ». Face aux réclamations des communautés riveraines dépendantes des activités portuaires du bourg de Basse-Indre, le préfet de la Loire-Inférieure adresse une lettre en date du 25 octobre 1864 au ministre de l’agriculture, du commerce et des travaux publics. Il précise que « ces plaintes ne portent que sur la position faite à l’usine. Le bourg de Basse-Indre offre maintenant à de nombreuses embarcations un abri assuré et d’un accès facile, qu’est dû aux travaux de la Loire. Les vastes quais plantés et baignés d’une eau profonde remplacent aujourd’hui la plage vaseuse qui s’étendait autrefois à cet endroit et donnent au bourg un aspect de prospérité ». En réponse, le ministre expose que : « quant au bourg lui-même, les travaux de la Basse-Loire l’ont placé dans une situation excellente et lui ont fait subir la plus heureuse transformation. Le bourg de Basse-Indre est devenu l’un des meilleurs du département ».

En 1870 le Conseil municipal demande qu’une ouverture soit pratiquée dans la digue de Basse-Indre, immédiatement au-dessous de l’embarcadère du bateau à vapeur, afin de dégager la partie amont du port. Les pétitionnaires exposent qu’un ménageant le long du bourg un bassin spacieux, l’administration des Ponts et Chaussées avait voulu créer un port de refuge pour les nombreuses barques du pays et les caboteurs qui s’arrêtent fréquemment jusque-là à Basse-Indre. La disposition adoptée permettait de les abriter contre les vents d’ouest et les glaces. Les envasements qui s’y sont ensuite produits en partie amont rendent le port accessible seulement à haute mer, pendant seulement 2 à 3 heures. En réponse, les ingénieurs insistent sur l’importance de ne pas multiplier les passes, « déjà si préjudiciables à l’amélioration du grand chenal. Le mal serait simplement déplacé ». Ces derniers consentent néanmoins à remblayer la vasière.

A la fin des années 1880, le port de Basse-Indre compte trois ouvrages destinés à l’embarquement et au débarquement des voyageurs : le débarcadère de la Compagnie de Navigation de la Basse-Loire, celui du bac de Basse-Indre à Indret et le môle, servant autrefois au vapeur « le Rapide », et utilisé à cette époque par la Compagnie des Pyroscaphes. Pourtant, l’ancien môle n’est plus adapté et le projet d’un môle complètement neuf est alors envisagé.

Le bras du Mastro forme au début du XXe siècle un abri naturel et un lieu de mouillage apprécié par les nombreux pêcheurs de Basse-Indre. Mais cette partie du port de Basse-Indre est rapidement obstruée par suite des dépôts de vase et à marée basse, le port de pêche est complètement à sec. Le Conseil municipal et le Syndicat des Pêcheurs de Basse-Indre demande en septembre 1920 la réalisation de travaux de curage et de surélévation des quais formant la rive du bras du Mastro. Les Ponts et Chaussés émettent un avis favorable à cette demande en proposant d’effectuer un curage dans la partie amont du bras du Mastro, sur une longueur de 300 m, afin que les embarcations de pêche puissent stationner à flot à toute heure de marée. La proposition s’accompagne de travaux de surélévation de la rive au moyen d’un perré de 0,60 m de haut sur une longueur de 200 m et en remblayant le terrain en arrière du perré.

Le port de basse-Indre demeure un port très actif de la Basse-Loire jusqu’aux années 1950, notamment grâce à la pêche à la civelle. Aujourd’hui, le bourg de Basse-Indre conserve une fonction portuaire par la présence de l’embarcadère du bac départemental reliant la rive gauche à la hauteur de l’ancienne île d’Indret.