La gare est construite en 1875 à l'occasion de la mise en place de la ligne de chemin de fer de Nantes à Pornic par la Compagnie des chemins de fer Nantais.

Au XIXe siècle, les activités principales des Moutiers en Retz sont l'ostréiculture et la pêche. Les marais salants ne sont plus exploités. En 1851 sont découvertes des sources d'eau ferrugineuse aux propriétés médicales. L'aménagement de ces sources va entraîner le développement des bains de mer (qui existaient déjà à Pornic). Les bains de mer se développent encore plus avec l'arrivée du chemin de fer. Les deux communes étaient unies jusqu'en 1863. La Bernerie et Les Moutiers possèdent chacun une gare, qui seront agrandies par la suite. Mais le village de La Bernerie va se développer plus que sa grande sœur grâce au tourisme balnéaire.

La gare des Moutiers est donc plus petite que celle de La Bernerie, mais elle a eu le droit, comme toutes les gares de la ligne, a une extension en 1884.

L'ancien bâtiment-voyageurs est aujourd'hui une résidence privée. La gare est aujourd'hui un simple point d'arrêt non géré.